More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3783 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
471 aa  927    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  81.66 
 
 
467 aa  686    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  75.45 
 
 
470 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.92 
 
 
464 aa  511  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  59.23 
 
 
474 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  60.09 
 
 
474 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.43 
 
 
479 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  56.79 
 
 
467 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  56.77 
 
 
462 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.87 
 
 
484 aa  313  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.94 
 
 
482 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.17 
 
 
482 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.81 
 
 
484 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.51 
 
 
470 aa  271  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.34 
 
 
494 aa  266  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.15 
 
 
482 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  37.69 
 
 
507 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.64 
 
 
494 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.62 
 
 
471 aa  253  5.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.69 
 
 
499 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.52 
 
 
460 aa  249  9e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.89 
 
 
477 aa  242  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  41.97 
 
 
480 aa  233  5e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
531 aa  226  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.84 
 
 
464 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  34.3 
 
 
463 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.95 
 
 
569 aa  199  7.999999999999999e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
496 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
496 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.55 
 
 
495 aa  197  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
483 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  32.77 
 
 
474 aa  196  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.13 
 
 
504 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.4 
 
 
459 aa  196  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.47 
 
 
460 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.47 
 
 
460 aa  194  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.66 
 
 
479 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.86 
 
 
484 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.41 
 
 
481 aa  193  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.66 
 
 
483 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
485 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
477 aa  192  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
485 aa  192  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  34.47 
 
 
460 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
489 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
484 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.55 
 
 
461 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
492 aa  192  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
486 aa  190  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.62 
 
 
479 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
483 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.97 
 
 
496 aa  189  8e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
432 aa  189  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
505 aa  189  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
472 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  35.68 
 
 
480 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
480 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.77 
 
 
474 aa  189  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.77 
 
 
497 aa  189  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.24 
 
 
502 aa  189  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
482 aa  188  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.33 
 
 
496 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
495 aa  187  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.88 
 
 
501 aa  187  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.13 
 
 
486 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.17 
 
 
500 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.66 
 
 
485 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.13 
 
 
486 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  31.3 
 
 
512 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.08 
 
 
483 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  34.11 
 
 
479 aa  185  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.19 
 
 
517 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.44 
 
 
485 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.18 
 
 
507 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.19 
 
 
464 aa  183  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
470 aa  183  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.21 
 
 
486 aa  183  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.12 
 
 
520 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
507 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.76 
 
 
478 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.57 
 
 
510 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  34.49 
 
 
470 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
507 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
508 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
508 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4291  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.56 
 
 
503 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.56 
 
 
503 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.45 
 
 
469 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0690  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.16 
 
 
499 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  31.7 
 
 
467 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.74 
 
 
515 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
507 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.55 
 
 
457 aa  179  7e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.85 
 
 
512 aa  179  9e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.38 
 
 
507 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.02 
 
 
486 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.24 
 
 
504 aa  179  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.69 
 
 
546 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>