130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_06720 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  100 
 
 		 392 aa  788    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  98.72 
 
 		 392 aa  780    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  61.52 
 
 		 413 aa  524  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  62.24 
 
 		 391 aa  496  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  61 
 
 		 400 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  57.53 
 
 		 387 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  57.66 
 
 		 402 aa  464  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  56.74 
 
 		 413 aa  454  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  58.65 
 
 		 404 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  58.38 
 
 		 404 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  57.85 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  55.01 
 
 		 390 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  56.33 
 
 		 384 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  55.83 
 
 		 388 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  29.92 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  32.42 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  32.42 
 
 		 493 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  27.85 
 
 		 359 aa  130  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  28.36 
 
 		 378 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  31.69 
 
 		 484 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.98 
 
 		 517 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  28.57 
 
 		 504 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  25.15 
 
 		 519 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  25.85 
 
 		 542 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  26.56 
 
 		 528 aa  110  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  28.57 
 
 		 566 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  28.57 
 
 		 542 aa  106  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  26.79 
 
 		 517 aa  106  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  26.35 
 
 		 542 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  28.72 
 
 		 547 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  27.22 
 
 		 493 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  28.01 
 
 		 525 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  24.39 
 
 		 527 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  24.93 
 
 		 503 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  30.66 
 
 		 546 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  24.8 
 
 		 553 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  23.17 
 
 		 690 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  25.54 
 
 		 565 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.57 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.57 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.57 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  21.9 
 
 		 556 aa  60.5  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  25.8 
 
 		 549 aa  60.1  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.61 
 
 		 517 aa  60.5  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.57 
 
 		 377 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  23.84 
 
 		 568 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  22.36 
 
 		 819 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  23.84 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.3 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  20.43 
 
 		 557 aa  57.4  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  25.31 
 
 		 567 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  19.12 
 
 		 1667 aa  57.4  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.83 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.94 
 
 		 383 aa  57  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  23.47 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  24.06 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.14 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  24.19 
 
 		 335 aa  53.1  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  28.36 
 
 		 640 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  23.1 
 
 		 574 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.07 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  36.27 
 
 		 660 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  21.38 
 
 		 339 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  21.76 
 
 		 548 aa  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  22.3 
 
 		 776 aa  51.2  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  22.8 
 
 		 575 aa  51.2  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.83 
 
 		 334 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.46 
 
 		 658 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  23.55 
 
 		 556 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  22.65 
 
 		 560 aa  50.8  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.75 
 
 		 353 aa  50.4  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.3 
 
 		 607 aa  49.7  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.46 
 
 		 658 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  22.52 
 
 		 561 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  21.35 
 
 		 810 aa  48.9  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  28.44 
 
 		 541 aa  49.7  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.86 
 
 		 362 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.51 
 
 		 457 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  21.15 
 
 		 479 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  24.45 
 
 		 408 aa  48.5  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.68 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  20.22 
 
 		 580 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.97 
 
 		 493 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.75 
 
 		 320 aa  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  23.84 
 
 		 364 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  23.06 
 
 		 574 aa  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  23.06 
 
 		 574 aa  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.28 
 
 		 573 aa  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  23.82 
 
 		 576 aa  47.4  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  24.08 
 
 		 971 aa  47.4  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.68 
 
 		 328 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  27.52 
 
 		 538 aa  47.4  0.0004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.32 
 
 		 451 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  24.92 
 
 		 329 aa  47.4  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  28.46 
 
 		 335 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  21.93 
 
 		 354 aa  47  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.36 
 
 		 328 aa  47  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.66 
 
 		 492 aa  47  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.76 
 
 		 328 aa  47  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2432  hypothetical protein  22.53 
 
 		 340 aa  46.6  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.750639  normal  0.35999 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>