84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3177 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  100 
 
 		 388 aa  775    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  53.75 
 
 		 413 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  58.9 
 
 		 384 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  57.48 
 
 		 400 aa  435  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  56.44 
 
 		 391 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  56.83 
 
 		 387 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  55.08 
 
 		 397 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  57.49 
 
 		 402 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  55.83 
 
 		 392 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  55.83 
 
 		 392 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  54.28 
 
 		 404 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  54.28 
 
 		 404 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  52.59 
 
 		 413 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  51.39 
 
 		 390 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  29.38 
 
 		 378 aa  136  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  27.25 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  25.86 
 
 		 353 aa  131  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  29.16 
 
 		 484 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.37 
 
 		 517 aa  97.4  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26.14 
 
 		 504 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.89 
 
 		 519 aa  90.5  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.13 
 
 		 528 aa  89.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  23.3 
 
 		 542 aa  87  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  25.2 
 
 		 493 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  26.67 
 
 		 525 aa  82.8  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  24.93 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.74 
 
 		 503 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  25.32 
 
 		 542 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  25.72 
 
 		 547 aa  76.6  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  24.93 
 
 		 493 aa  76.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  23.96 
 
 		 517 aa  73.9  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26.42 
 
 		 566 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26.42 
 
 		 542 aa  72  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.76 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  29.21 
 
 		 546 aa  66.6  0.0000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  21.98 
 
 		 527 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  21.58 
 
 		 1667 aa  58.9  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  23.91 
 
 		 690 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.28 
 
 		 317 aa  55.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  23.61 
 
 		 538 aa  54.3  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.32 
 
 		 478 aa  53.9  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.32 
 
 		 478 aa  53.9  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  23.7 
 
 		 819 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  24.69 
 
 		 565 aa  52.8  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  22.18 
 
 		 810 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.54 
 
 		 345 aa  50.8  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  20.39 
 
 		 1094 aa  50.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.18 
 
 		 354 aa  50.1  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.12 
 
 		 607 aa  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  21.14 
 
 		 335 aa  50.1  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.15 
 
 		 353 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  25.76 
 
 		 408 aa  48.9  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.88 
 
 		 335 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.66 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  30.07 
 
 		 541 aa  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.37 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.46 
 
 		 492 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.83 
 
 		 323 aa  47.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  21.76 
 
 		 354 aa  46.6  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.88 
 
 		 299 aa  46.6  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2513  hypothetical protein  28.88 
 
 		 329 aa  46.6  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.24 
 
 		 340 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.24 
 
 		 340 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.24 
 
 		 340 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.33 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.57 
 
 		 406 aa  45.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  32.43 
 
 		 660 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.38 
 
 		 329 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.91 
 
 		 325 aa  44.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  19.84 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.17 
 
 		 491 aa  44.3  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  18.88 
 
 		 331 aa  44.3  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.17 
 
 		 491 aa  44.3  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.75 
 
 		 328 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  28.72 
 
 		 387 aa  43.9  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.53 
 
 		 384 aa  43.9  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07650  YVTN family beta-propeller repeat protein  29.35 
 
 		 461 aa  43.9  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.446575  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.74 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.01 
 
 		 310 aa  43.5  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.66 
 
 		 312 aa  43.5  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.51 
 
 		 415 aa  43.1  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1457  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.88 
 
 		 383 aa  43.1  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.803154  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.97 
 
 		 366 aa  43.1  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.76 
 
 		 328 aa  42.7  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>