104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2495 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 484 aa  989    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  63.35 
 
 		 517 aa  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  56.87 
 
 		 504 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  51.95 
 
 		 528 aa  528  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  50.1 
 
 		 542 aa  518  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  54.8 
 
 		 493 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  52.29 
 
 		 547 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  52.73 
 
 		 517 aa  503  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  53.37 
 
 		 493 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  54.37 
 
 		 493 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  53.12 
 
 		 503 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  50.6 
 
 		 542 aa  478  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  50.6 
 
 		 566 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  49.6 
 
 		 525 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  34.65 
 
 		 556 aa  280  5e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  32.31 
 
 		 542 aa  230  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  29.42 
 
 		 557 aa  200  6e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  32.78 
 
 		 519 aa  190  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  28.57 
 
 		 527 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  27.74 
 
 		 690 aa  157  6e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  27.29 
 
 		 553 aa  141  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  26.85 
 
 		 561 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  31.62 
 
 		 400 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  26.27 
 
 		 548 aa  137  4e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  25.33 
 
 		 546 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  28.01 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  27.31 
 
 		 596 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  25.48 
 
 		 560 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  25.4 
 
 		 576 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  31.17 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  25.45 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  26.1 
 
 		 573 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  31.69 
 
 		 392 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  25.05 
 
 		 568 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  31.69 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  26.1 
 
 		 567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  26.2 
 
 		 549 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  28.75 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  25.4 
 
 		 574 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  25.4 
 
 		 574 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  24.25 
 
 		 574 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  25.84 
 
 		 583 aa  117  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  24.35 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  31.31 
 
 		 397 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  30.05 
 
 		 404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  30.05 
 
 		 404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  30.68 
 
 		 413 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  28.74 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  29.33 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  25.96 
 
 		 387 aa  99.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  28.96 
 
 		 388 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  29.75 
 
 		 384 aa  98.6  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  25.23 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  25.88 
 
 		 353 aa  60.8  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  22.68 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.95 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  23.81 
 
 		 314 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.32 
 
 		 348 aa  52  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.3 
 
 		 320 aa  50.8  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  39.73 
 
 		 163 aa  49.3  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.73 
 
 		 1684 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  23.68 
 
 		 819 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  22.87 
 
 		 538 aa  48.9  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  21.25 
 
 		 1652 aa  48.5  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  22.15 
 
 		 541 aa  48.5  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.82 
 
 		 335 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.03 
 
 		 348 aa  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  23.36 
 
 		 776 aa  47.4  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.32 
 
 		 328 aa  47  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0315  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  25.85 
 
 		 924 aa  47  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.37 
 
 		 314 aa  47  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.41 
 
 		 383 aa  47  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.14 
 
 		 347 aa  46.2  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2626  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.63 
 
 		 659 aa  46.2  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  36 
 
 		 163 aa  46.2  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.46 
 
 		 943 aa  46.2  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  21.77 
 
 		 354 aa  45.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.93 
 
 		 406 aa  45.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  38.24 
 
 		 523 aa  45.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2728  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.73 
 
 		 318 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171718  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.33 
 
 		 328 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.34 
 
 		 492 aa  45.8  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  28.19 
 
 		 1161 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  28.19 
 
 		 1161 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  30.77 
 
 		 476 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.12 
 
 		 317 aa  45.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 511 aa  45.1  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  23.08 
 
 		 364 aa  45.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.67 
 
 		 314 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.19 
 
 		 370 aa  45.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 528 aa  44.7  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.39 
 
 		 362 aa  44.7  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2557  hypothetical protein  29.66 
 
 		 451 aa  44.3  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.78 
 
 		 332 aa  44.3  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.75 
 
 		 652 aa  44.3  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 513 aa  43.9  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.94 
 
 		 338 aa  43.9  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.67 
 
 		 318 aa  43.9  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.96 
 
 		 451 aa  43.5  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 353 aa  43.5  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>