126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5013 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 413 aa  831    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  81.17 
 
 		 390 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  63.93 
 
 		 404 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  63.68 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  67.17 
 
 		 397 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  60.46 
 
 		 391 aa  495  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  62.23 
 
 		 387 aa  491  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  62.89 
 
 		 402 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  55.95 
 
 		 400 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  56.88 
 
 		 392 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  57.41 
 
 		 392 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  51.34 
 
 		 413 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  56.76 
 
 		 384 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  54.03 
 
 		 388 aa  411  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  29.1 
 
 		 359 aa  145  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  24.65 
 
 		 353 aa  114  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  25.19 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  30.68 
 
 		 484 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  28.78 
 
 		 517 aa  110  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  29.04 
 
 		 504 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  26.98 
 
 		 493 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  24.79 
 
 		 542 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  26.7 
 
 		 493 aa  106  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.54 
 
 		 517 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  25.19 
 
 		 542 aa  99.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  25.85 
 
 		 527 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  23.64 
 
 		 519 aa  94.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  26.87 
 
 		 503 aa  93.2  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  27.46 
 
 		 493 aa  92.8  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  27.89 
 
 		 542 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  27.89 
 
 		 566 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.21 
 
 		 528 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  26.22 
 
 		 525 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  27.81 
 
 		 547 aa  80.5  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  30.7 
 
 		 546 aa  77.8  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  24.26 
 
 		 1667 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  24.32 
 
 		 690 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.83 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  19.25 
 
 		 556 aa  64.3  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  20.3 
 
 		 557 aa  63.5  0.000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.81 
 
 		 819 aa  63.2  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  32.09 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  25.55 
 
 		 776 aa  59.7  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  27.01 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.89 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  22.83 
 
 		 565 aa  59.7  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  19.91 
 
 		 553 aa  58.9  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  27.46 
 
 		 479 aa  57.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.95 
 
 		 353 aa  57  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.81 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.63 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.87 
 
 		 354 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  23.58 
 
 		 561 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  37.35 
 
 		 810 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.64 
 
 		 347 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.88 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.51 
 
 		 354 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.22 
 
 		 478 aa  53.5  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.22 
 
 		 478 aa  53.5  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.83 
 
 		 406 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.56 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  21.6 
 
 		 548 aa  52.4  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0103  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.5 
 
 		 192 aa  51.2  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.7 
 
 		 478 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.79 
 
 		 384 aa  51.6  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  27.27 
 
 		 1733 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.33 
 
 		 488 aa  50.8  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  33.33 
 
 		 640 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.03 
 
 		 607 aa  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  40.85 
 
 		 689 aa  49.7  0.00009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  22.18 
 
 		 580 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.3 
 
 		 366 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  25.25 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  20.97 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1457  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.57 
 
 		 383 aa  48.9  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.803154  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.29 
 
 		 348 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  30.7 
 
 		 556 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  30.43 
 
 		 391 aa  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  25 
 
 		 306 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  21.35 
 
 		 549 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  23.31 
 
 		 500 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.09 
 
 		 334 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.78 
 
 		 821 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.51 
 
 		 492 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.76 
 
 		 493 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  35.4 
 
 		 1094 aa  47.8  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.13 
 
 		 272 aa  47  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.56 
 
 		 517 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  21.58 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4611  hypothetical protein  26.29 
 
 		 346 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.75 
 
 		 491 aa  46.6  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.75 
 
 		 491 aa  46.6  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.64 
 
 		 383 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  25.54 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  25.54 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  29.2 
 
 		 541 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  23.38 
 
 		 335 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.62 
 
 		 1170 aa  46.2  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  35.05 
 
 		 417 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  25.54 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>