52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3172 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  64.9 
 
 		 583 aa  714    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 549 aa  1135    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  67.63 
 
 		 568 aa  761    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  64.56 
 
 		 596 aa  714    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  69.38 
 
 		 574 aa  769    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  72.85 
 
 		 574 aa  800    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  71.12 
 
 		 575 aa  783    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  67.44 
 
 		 568 aa  759    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  71.4 
 
 		 573 aa  792    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  89.91 
 
 		 567 aa  1033    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  73.26 
 
 		 576 aa  798    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  61.61 
 
 		 561 aa  666    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  57.39 
 
 		 560 aa  651    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  72.85 
 
 		 574 aa  800    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  55.26 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  51.08 
 
 		 690 aa  546  1e-154  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  51.12 
 
 		 548 aa  546  1e-154  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  50.74 
 
 		 565 aa  499  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  44.85 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  28.06 
 
 		 546 aa  147  6e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  23.9 
 
 		 542 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26.05 
 
 		 504 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  26.16 
 
 		 493 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  26.88 
 
 		 503 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  24.86 
 
 		 517 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  25.65 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  27.56 
 
 		 542 aa  134  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  27.26 
 
 		 566 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  26.36 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  26.13 
 
 		 525 aa  126  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  26.2 
 
 		 484 aa  120  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  27.93 
 
 		 519 aa  120  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  26.59 
 
 		 527 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  24.91 
 
 		 517 aa  113  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  24.86 
 
 		 547 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.71 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  23.13 
 
 		 557 aa  89  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  21.5 
 
 		 556 aa  87.8  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  25.6 
 
 		 538 aa  77.4  0.0000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  24.47 
 
 		 541 aa  74.7  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  24.57 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.37 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  22.94 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  21.29 
 
 		 413 aa  56.6  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  22.89 
 
 		 387 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  21.92 
 
 		 400 aa  49.3  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  21.35 
 
 		 413 aa  47.8  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.76 
 
 		 391 aa  46.2  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  23.74 
 
 		 402 aa  44.7  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  34.72 
 
 		 143 aa  43.9  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  35.37 
 
 		 350 aa  43.5  0.01  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  25.38 
 
 		 163 aa  43.5  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>