44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1442 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  63.41 
 
 		 575 aa  779    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  67.12 
 
 		 568 aa  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  59.8 
 
 		 583 aa  704    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  100 
 
 		 573 aa  1184    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  71.4 
 
 		 549 aa  793    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  60.54 
 
 		 596 aa  679    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  62.2 
 
 		 574 aa  766    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  83.62 
 
 		 574 aa  1013    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  68.76 
 
 		 567 aa  784    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  67.9 
 
 		 576 aa  784    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  58.5 
 
 		 561 aa  641    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  83.62 
 
 		 574 aa  1013    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  67.12 
 
 		 568 aa  775    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  57.06 
 
 		 560 aa  634  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  51.5 
 
 		 690 aa  559  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  52.74 
 
 		 553 aa  556  1e-157  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  46.28 
 
 		 548 aa  504  1e-141  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  47.12 
 
 		 565 aa  479  1e-134  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  42.75 
 
 		 542 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  28.98 
 
 		 546 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  26.1 
 
 		 484 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  23.63 
 
 		 542 aa  123  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  23.47 
 
 		 503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  23.29 
 
 		 504 aa  117  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  24.06 
 
 		 493 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  25.74 
 
 		 493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  24 
 
 		 542 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  24 
 
 		 566 aa  108  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  23.03 
 
 		 517 aa  105  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  23.51 
 
 		 493 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  23.49 
 
 		 519 aa  103  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  24.29 
 
 		 525 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  23.41 
 
 		 527 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  23.95 
 
 		 528 aa  97.8  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  23.19 
 
 		 517 aa  95.1  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  21.37 
 
 		 556 aa  89.4  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  22.03 
 
 		 547 aa  87.8  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  21.64 
 
 		 557 aa  76.6  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  23.26 
 
 		 538 aa  73.2  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  22.65 
 
 		 541 aa  66.2  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  23.28 
 
 		 392 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  35.29 
 
 		 350 aa  47.4  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.79 
 
 		 392 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  20.44 
 
 		 413 aa  45.4  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>