47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2487 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  60.97 
 
 		 574 aa  731    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  64.56 
 
 		 549 aa  714    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  66.92 
 
 		 568 aa  748    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  70.99 
 
 		 583 aa  883    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  67.69 
 
 		 568 aa  748    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  65.45 
 
 		 575 aa  724    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  60.54 
 
 		 573 aa  679    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  100 
 
 		 596 aa  1231    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  63.41 
 
 		 567 aa  708    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  64.14 
 
 		 576 aa  722    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  61.57 
 
 		 574 aa  688    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  61.57 
 
 		 574 aa  688    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  53.79 
 
 		 560 aa  591  1e-167  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  53.42 
 
 		 561 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  52.35 
 
 		 690 aa  558  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  49.91 
 
 		 553 aa  543  1e-153  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  46.86 
 
 		 548 aa  504  1e-141  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  48.36 
 
 		 565 aa  488  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  45.39 
 
 		 542 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  26.61 
 
 		 542 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  27.08 
 
 		 546 aa  143  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  27.18 
 
 		 503 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  26.92 
 
 		 493 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26 
 
 		 504 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  24.72 
 
 		 517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  24.6 
 
 		 525 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  27.31 
 
 		 484 aa  129  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  25.39 
 
 		 493 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  24.45 
 
 		 542 aa  126  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  24.45 
 
 		 566 aa  126  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  24.73 
 
 		 517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  24.4 
 
 		 547 aa  120  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  23.64 
 
 		 528 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  25.59 
 
 		 493 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  26.6 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  25.55 
 
 		 519 aa  108  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  23.58 
 
 		 556 aa  93.6  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  19.6 
 
 		 557 aa  69.7  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  25 
 
 		 538 aa  62.4  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25.4 
 
 		 541 aa  61.6  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  38.16 
 
 		 154 aa  49.7  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  24.02 
 
 		 390 aa  49.3  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  19.23 
 
 		 413 aa  48.5  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  37.97 
 
 		 163 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  37.5 
 
 		 98 aa  45.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  24.38 
 
 		 387 aa  44.7  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  23.22 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>