42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3180 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  60.34 
 
 		 574 aa  716    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  65.84 
 
 		 568 aa  735    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  73.96 
 
 		 596 aa  874    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  66.03 
 
 		 568 aa  737    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  100 
 
 		 583 aa  1200    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  64.9 
 
 		 549 aa  714    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  63.31 
 
 		 573 aa  699    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  63.28 
 
 		 574 aa  747    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  62.26 
 
 		 575 aa  723    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  60.34 
 
 		 574 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  64.42 
 
 		 567 aa  711    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  64.94 
 
 		 576 aa  708    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  53.8 
 
 		 560 aa  586  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  52.88 
 
 		 561 aa  568  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  49.72 
 
 		 553 aa  532  1e-150  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  48.57 
 
 		 690 aa  524  1e-147  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  47.42 
 
 		 548 aa  487  1e-136  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  47.86 
 
 		 565 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  42.31 
 
 		 542 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  27.73 
 
 		 546 aa  137  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  24.68 
 
 		 542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  25.63 
 
 		 504 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  25.3 
 
 		 493 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  25.84 
 
 		 484 aa  117  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  24.01 
 
 		 517 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.29 
 
 		 503 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  24.26 
 
 		 542 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  24.26 
 
 		 566 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  23.33 
 
 		 493 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  27.15 
 
 		 519 aa  107  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  25.94 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  23.5 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  22.53 
 
 		 493 aa  97.4  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  24.02 
 
 		 547 aa  97.4  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  24.49 
 
 		 517 aa  97.1  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  22.16 
 
 		 528 aa  93.2  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  22.16 
 
 		 556 aa  77  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  26.85 
 
 		 538 aa  67.8  0.0000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25.84 
 
 		 541 aa  65.5  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  18.02 
 
 		 557 aa  53.9  0.000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  25.49 
 
 		 390 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  28.78 
 
 		 143 aa  51.6  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>