59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3323 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  67.88 
 
 		 567 aa  810    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  73.26 
 
 		 549 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  68.99 
 
 		 568 aa  781    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  64.14 
 
 		 596 aa  721    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  70.33 
 
 		 574 aa  796    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  67.88 
 
 		 574 aa  816    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  75.28 
 
 		 575 aa  855    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  68.8 
 
 		 568 aa  779    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 576 aa  1185    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  59.04 
 
 		 561 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  64.94 
 
 		 583 aa  709    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  67.9 
 
 		 573 aa  783    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  58.96 
 
 		 560 aa  644    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  67.88 
 
 		 574 aa  816    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  53.35 
 
 		 690 aa  573  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  52.37 
 
 		 553 aa  548  1e-154  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  50.95 
 
 		 548 aa  540  9.999999999999999e-153  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  51.32 
 
 		 565 aa  508  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  44.13 
 
 		 542 aa  408  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  29.14 
 
 		 546 aa  144  5e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  25.73 
 
 		 504 aa  143  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  27.24 
 
 		 542 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26.69 
 
 		 566 aa  136  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  25.69 
 
 		 542 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  26.01 
 
 		 517 aa  135  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.69 
 
 		 503 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  26.13 
 
 		 493 aa  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  24.95 
 
 		 493 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.42 
 
 		 525 aa  130  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  25.4 
 
 		 484 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  25 
 
 		 493 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  25.38 
 
 		 527 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  26.23 
 
 		 547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  23.85 
 
 		 517 aa  118  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.19 
 
 		 528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  25.05 
 
 		 519 aa  106  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  22.43 
 
 		 556 aa  91.7  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  26.4 
 
 		 538 aa  87.4  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25.2 
 
 		 541 aa  85.5  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  21.09 
 
 		 557 aa  68.2  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  19.95 
 
 		 413 aa  52  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  21.79 
 
 		 390 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  23.82 
 
 		 392 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  36.62 
 
 		 154 aa  47.4  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.63 
 
 		 392 aa  47.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.07 
 
 		 293 aa  47  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.11 
 
 		 293 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.11 
 
 		 293 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  36.84 
 
 		 123 aa  45.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.28 
 
 		 293 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.82 
 
 		 723 aa  44.7  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  31.37 
 
 		 290 aa  44.3  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  28.81 
 
 		 374 aa  44.3  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  21.2 
 
 		 387 aa  43.9  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  26.15 
 
 		 269 aa  44.3  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.85 
 
 		 298 aa  44.3  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.06 
 
 		 382 aa  44.3  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  32.56 
 
 		 350 aa  43.5  0.01  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 143 aa  43.5  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>