145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2080 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  81.17 
 
 		 413 aa  665    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 390 aa  789    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  63.57 
 
 		 402 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  61.73 
 
 		 404 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  65.27 
 
 		 397 aa  506  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  61.73 
 
 		 404 aa  504  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  61.68 
 
 		 387 aa  494  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  58.82 
 
 		 391 aa  483  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  55.83 
 
 		 400 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  56.08 
 
 		 392 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  51.84 
 
 		 413 aa  440  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  55.29 
 
 		 392 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  55.41 
 
 		 384 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  52.96 
 
 		 388 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  27.42 
 
 		 359 aa  146  5e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  24.87 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  30.09 
 
 		 504 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  28.09 
 
 		 517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  26.57 
 
 		 542 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  27.62 
 
 		 493 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  25.34 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  27.35 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  28.74 
 
 		 484 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.81 
 
 		 519 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  25.63 
 
 		 517 aa  99.8  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  24.94 
 
 		 542 aa  97.1  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  26.44 
 
 		 528 aa  96.7  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.54 
 
 		 503 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  25.6 
 
 		 527 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  27.64 
 
 		 547 aa  89.7  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  34.88 
 
 		 546 aa  87.4  4e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  25.8 
 
 		 493 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26 
 
 		 542 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26 
 
 		 566 aa  77  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  20.77 
 
 		 556 aa  77  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  25.13 
 
 		 565 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  24.87 
 
 		 690 aa  76.3  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.36 
 
 		 525 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  29.85 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  23.61 
 
 		 553 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.98 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.31 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.89 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.76 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  27.3 
 
 		 819 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.43 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.72 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  23.1 
 
 		 1667 aa  64.3  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.47 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  28.28 
 
 		 479 aa  62.4  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.02 
 
 		 776 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  22.65 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.8 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.58 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  23.74 
 
 		 567 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.72 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  22.94 
 
 		 549 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.79 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  22.22 
 
 		 548 aa  58.9  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  29.5 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  22 
 
 		 560 aa  56.2  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.46 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  24.73 
 
 		 306 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.01 
 
 		 451 aa  54.7  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.03 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.6 
 
 		 478 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  22.81 
 
 		 574 aa  53.9  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  22.28 
 
 		 575 aa  53.5  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.04 
 
 		 1170 aa  52.8  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  23 
 
 		 335 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.53 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  25.49 
 
 		 583 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.53 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  22.57 
 
 		 580 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  22.69 
 
 		 568 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  22.8 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  25 
 
 		 332 aa  51.2  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.44 
 
 		 492 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.29 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.24 
 
 		 320 aa  50.8  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  22.43 
 
 		 568 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  33.03 
 
 		 810 aa  50.1  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.98 
 
 		 357 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.23 
 
 		 479 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  28.05 
 
 		 329 aa  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  28.05 
 
 		 329 aa  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  28.05 
 
 		 329 aa  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.44 
 
 		 478 aa  49.7  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.44 
 
 		 478 aa  49.7  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  24.02 
 
 		 596 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.18 
 
 		 340 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.93 
 
 		 357 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.29 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.18 
 
 		 340 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.18 
 
 		 340 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2064  hypothetical protein  27.86 
 
 		 329 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  21.79 
 
 		 576 aa  48.5  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.63 
 
 		 607 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.94 
 
 		 517 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>