116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3169 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  73.79 
 
 		 503 aa  761    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 493 aa  1017    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  56.05 
 
 		 528 aa  600  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  60.41 
 
 		 517 aa  589  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  60.04 
 
 		 566 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  60.04 
 
 		 542 aa  590  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  59.7 
 
 		 493 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  59.7 
 
 		 493 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  57.34 
 
 		 547 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  57.8 
 
 		 525 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  55.86 
 
 		 504 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  48.77 
 
 		 542 aa  533  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  52.62 
 
 		 517 aa  524  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  53.37 
 
 		 484 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  30.15 
 
 		 556 aa  239  9e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  30.53 
 
 		 542 aa  217  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  29.3 
 
 		 557 aa  209  1e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  27.84 
 
 		 527 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  27.79 
 
 		 519 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  28.88 
 
 		 690 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  27.02 
 
 		 548 aa  144  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  26.92 
 
 		 596 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  25.5 
 
 		 567 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  25.62 
 
 		 546 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  25.65 
 
 		 549 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  26.13 
 
 		 576 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  24.9 
 
 		 574 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  26.36 
 
 		 553 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  24.12 
 
 		 561 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  25 
 
 		 575 aa  127  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  26.57 
 
 		 565 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  27.2 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  27.2 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  25.54 
 
 		 568 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  25.54 
 
 		 568 aa  123  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  25.3 
 
 		 583 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  23.81 
 
 		 560 aa  116  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 		 573 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.96 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  28.42 
 
 		 400 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  26.47 
 
 		 404 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  26.47 
 
 		 404 aa  101  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.22 
 
 		 392 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  27.74 
 
 		 397 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.22 
 
 		 392 aa  100  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  24.67 
 
 		 413 aa  95.5  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  26.01 
 
 		 387 aa  94.7  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  27.46 
 
 		 413 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  25.8 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  24.93 
 
 		 388 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  24.66 
 
 		 384 aa  73.6  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  26.61 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  24.16 
 
 		 538 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  23.84 
 
 		 541 aa  60.5  0.00000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  37.78 
 
 		 382 aa  55.1  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  39.73 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  35 
 
 		 528 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 511 aa  51.2  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  33.75 
 
 		 520 aa  50.8  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  38.36 
 
 		 405 aa  51.2  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  33.33 
 
 		 698 aa  50.4  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  28.28 
 
 		 476 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  30.77 
 
 		 350 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1781  cytochrome c, class I  31.82 
 
 		 451 aa  48.9  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  32.98 
 
 		 121 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  35.62 
 
 		 521 aa  49.3  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  38.57 
 
 		 153 aa  49.3  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1151  cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  27.78 
 
 		 451 aa  47.4  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  33.33 
 
 		 524 aa  47.8  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.99 
 
 		 348 aa  47.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  36.99 
 
 		 139 aa  47.4  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1589  hypothetical protein  32.43 
 
 		 162 aa  47.4  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.93 
 
 		 348 aa  47.4  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.78 
 
 		 347 aa  47  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  39.62 
 
 		 98 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.39 
 
 		 383 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  37.33 
 
 		 212 aa  46.6  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  34.72 
 
 		 524 aa  46.6  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 513 aa  46.6  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  21.45 
 
 		 359 aa  46.6  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  35.78 
 
 		 976 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0482  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.36 
 
 		 326 aa  45.8  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 375 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  31.33 
 
 		 152 aa  45.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  37.1 
 
 		 110 aa  45.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  39.33 
 
 		 492 aa  45.1  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 		 518 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  34.72 
 
 		 518 aa  45.4  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2412  cytochrome c class I  35.21 
 
 		 120 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000673714  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  33.8 
 
 		 374 aa  45.1  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  34.78 
 
 		 163 aa  45.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 375 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 		 518 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  38.98 
 
 		 103 aa  44.7  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  29.76 
 
 		 152 aa  44.3  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  32.22 
 
 		 388 aa  44.3  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 		 374 aa  44.3  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  32.67 
 
 		 1183 aa  43.5  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  38.2 
 
 		 452 aa  43.5  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  38.2 
 
 		 452 aa  43.5  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>