148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3270 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 387 aa  788    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  66.58 
 
 		 402 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  59.1 
 
 		 404 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  60.62 
 
 		 390 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  59.1 
 
 		 404 aa  504  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  61.4 
 
 		 413 aa  498  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  58.06 
 
 		 391 aa  494  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  59.95 
 
 		 397 aa  494  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  57.37 
 
 		 400 aa  471  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  55.3 
 
 		 413 aa  465  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  57.53 
 
 		 392 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  57.53 
 
 		 392 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  55.56 
 
 		 388 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  53.78 
 
 		 384 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  28.16 
 
 		 359 aa  136  7.000000000000001e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  28.93 
 
 		 504 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  26.78 
 
 		 493 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  26.23 
 
 		 493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  26.24 
 
 		 378 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  24.42 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  27.44 
 
 		 519 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  26.84 
 
 		 547 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  24.47 
 
 		 542 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26.56 
 
 		 566 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26.56 
 
 		 542 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.06 
 
 		 528 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  25.27 
 
 		 517 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  25.96 
 
 		 484 aa  99.8  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.07 
 
 		 503 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  24.92 
 
 		 527 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.33 
 
 		 525 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  23.92 
 
 		 517 aa  95.9  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  26.01 
 
 		 493 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  22.88 
 
 		 542 aa  76.3  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.15 
 
 		 314 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  28.44 
 
 		 546 aa  72  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  27.08 
 
 		 479 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  25.07 
 
 		 553 aa  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  22.64 
 
 		 556 aa  62.8  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.96 
 
 		 479 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  23.66 
 
 		 548 aa  61.6  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.47 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  22.42 
 
 		 690 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.59 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  23.27 
 
 		 776 aa  60.1  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.06 
 
 		 366 aa  59.7  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  26.04 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.95 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.2 
 
 		 517 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.49 
 
 		 491 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.98 
 
 		 493 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.99 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.85 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.85 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  21.58 
 
 		 557 aa  55.5  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.49 
 
 		 491 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.12 
 
 		 478 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.38 
 
 		 317 aa  55.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.33 
 
 		 607 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  25.67 
 
 		 556 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.37 
 
 		 348 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  20.93 
 
 		 339 aa  53.9  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  22.44 
 
 		 819 aa  53.5  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.78 
 
 		 272 aa  53.9  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5463  hypothetical protein  27.23 
 
 		 329 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 334 aa  53.5  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  25.44 
 
 		 335 aa  53.5  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.55 
 
 		 492 aa  53.1  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.5 
 
 		 689 aa  52.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  22.9 
 
 		 332 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  23.9 
 
 		 565 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.08 
 
 		 488 aa  51.2  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.85 
 
 		 328 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  20 
 
 		 1667 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  25.48 
 
 		 660 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.95 
 
 		 312 aa  50.1  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25 
 
 		 541 aa  50.4  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  27.18 
 
 		 1094 aa  50.1  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1117  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.79 
 
 		 329 aa  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.949748 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  22.91 
 
 		 538 aa  49.7  0.00008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  27.64 
 
 		 640 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  26.79 
 
 		 329 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  26.79 
 
 		 329 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  26.79 
 
 		 329 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.6 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  20.44 
 
 		 580 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  23.31 
 
 		 331 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  22.89 
 
 		 549 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.88 
 
 		 323 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.84 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.59 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.81 
 
 		 318 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.36 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.88 
 
 		 330 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.39 
 
 		 943 aa  49.3  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  21.07 
 
 		 810 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  24.62 
 
 		 971 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.93 
 
 		 327 aa  48.5  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>