94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4229 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  100 
 
 		 542 aa  1125    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  57.63 
 
 		 517 aa  608  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  56.8 
 
 		 504 aa  598  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  52.3 
 
 		 493 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  54.46 
 
 		 528 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  52.38 
 
 		 493 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  52.05 
 
 		 525 aa  537  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  48.77 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  50.6 
 
 		 517 aa  535  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  47.73 
 
 		 503 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  52.46 
 
 		 547 aa  527  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  50.1 
 
 		 484 aa  518  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  48.63 
 
 		 542 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  48.63 
 
 		 566 aa  505  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  28.75 
 
 		 542 aa  241  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  31.73 
 
 		 556 aa  231  4e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  29.3 
 
 		 557 aa  197  4.0000000000000005e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  26.53 
 
 		 527 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.96 
 
 		 519 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  26.02 
 
 		 565 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  26.55 
 
 		 561 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  26.61 
 
 		 596 aa  153  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  23.05 
 
 		 546 aa  147  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  24.45 
 
 		 690 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  23.9 
 
 		 549 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  23.59 
 
 		 548 aa  144  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  24.14 
 
 		 567 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  24.64 
 
 		 568 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  24.45 
 
 		 568 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  25.17 
 
 		 553 aa  140  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  23.71 
 
 		 575 aa  136  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  25.69 
 
 		 576 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  24.87 
 
 		 560 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  27.86 
 
 		 400 aa  133  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  24.68 
 
 		 583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  23.38 
 
 		 574 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.63 
 
 		 573 aa  123  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  23.77 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  23.77 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.52 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  26.57 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.85 
 
 		 392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  26.18 
 
 		 404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  26.18 
 
 		 404 aa  111  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.46 
 
 		 392 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  27.94 
 
 		 384 aa  109  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  24.79 
 
 		 413 aa  106  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  25.98 
 
 		 413 aa  106  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  26.15 
 
 		 397 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  24.74 
 
 		 387 aa  104  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  24.58 
 
 		 402 aa  91.3  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  23.3 
 
 		 388 aa  87.4  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  26.65 
 
 		 538 aa  79.7  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  26.14 
 
 		 541 aa  78.6  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  31.73 
 
 		 103 aa  56.2  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  22.35 
 
 		 359 aa  55.1  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  35.71 
 
 		 123 aa  53.9  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  30 
 
 		 110 aa  53.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  24.54 
 
 		 731 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.71 
 
 		 575 aa  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  40.68 
 
 		 98 aa  52  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.01 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  26.79 
 
 		 154 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  25.64 
 
 		 353 aa  48.5  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  38.98 
 
 		 139 aa  48.5  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 520 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  32.38 
 
 		 350 aa  47.4  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  32.89 
 
 		 485 aa  47.4  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 293 aa  47.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  33.78 
 
 		 109 aa  47  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  33.75 
 
 		 382 aa  46.6  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  30.49 
 
 		 462 aa  46.6  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0809  cytochrome c, class I  30.97 
 
 		 141 aa  45.8  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  32.35 
 
 		 119 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  32.35 
 
 		 119 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  30.28 
 
 		 678 aa  45.8  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  34.69 
 
 		 146 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  34.67 
 
 		 313 aa  45.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  30.88 
 
 		 476 aa  44.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4136  cytochrome c class I  31.65 
 
 		 286 aa  44.7  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3779  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.14 
 
 		 306 aa  44.7  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  30.77 
 
 		 189 aa  45.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  31.18 
 
 		 375 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  33.33 
 
 		 530 aa  44.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  33.93 
 
 		 121 aa  44.7  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5825  hypothetical protein  32.74 
 
 		 200 aa  44.3  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  31.18 
 
 		 375 aa  44.3  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  31.88 
 
 		 375 aa  43.9  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  31.08 
 
 		 346 aa  43.9  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  31.88 
 
 		 375 aa  43.9  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.31 
 
 		 328 aa  43.5  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1153  cytochrome c family protein  29.25 
 
 		 218 aa  43.5  0.009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  31.88 
 
 		 375 aa  43.5  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  26.6 
 
 		 364 aa  43.5  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>