47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0077 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  65.14 
 
 		 573 aa  771    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  71.51 
 
 		 568 aa  817    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  65.45 
 
 		 596 aa  724    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  69.24 
 
 		 574 aa  836    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  66.38 
 
 		 574 aa  795    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  71.12 
 
 		 549 aa  783    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  72.83 
 
 		 568 aa  813    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  62.26 
 
 		 583 aa  723    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  100 
 
 		 575 aa  1180    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  72.29 
 
 		 567 aa  801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  75.28 
 
 		 576 aa  855    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  59.45 
 
 		 561 aa  658    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  58.66 
 
 		 560 aa  656    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  66.38 
 
 		 574 aa  795    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  53.62 
 
 		 690 aa  585  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  51.6 
 
 		 553 aa  542  1e-153  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  51.54 
 
 		 548 aa  540  9.999999999999999e-153  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  50.09 
 
 		 565 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  43.18 
 
 		 542 aa  412  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  27.36 
 
 		 517 aa  153  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26.04 
 
 		 504 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26.45 
 
 		 566 aa  137  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26.45 
 
 		 542 aa  137  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  23.71 
 
 		 542 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  28.84 
 
 		 546 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  26.52 
 
 		 503 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.9 
 
 		 525 aa  133  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  25 
 
 		 493 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.89 
 
 		 528 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  23.46 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  25.57 
 
 		 547 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  26 
 
 		 527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  23.92 
 
 		 517 aa  118  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  24.35 
 
 		 484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.33 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  23.61 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  22.99 
 
 		 556 aa  100  6e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  21.14 
 
 		 557 aa  73.6  0.000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  25.6 
 
 		 538 aa  67  0.0000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  23.16 
 
 		 541 aa  65.1  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  22.28 
 
 		 390 aa  53.5  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.6 
 
 		 392 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.8 
 
 		 392 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  23.33 
 
 		 402 aa  47  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  36.62 
 
 		 154 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  19.55 
 
 		 413 aa  45.4  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  24.37 
 
 		 329 aa  45.1  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>