75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3260 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  68.44 
 
 		 547 aa  733    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  61.23 
 
 		 566 aa  671    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  66.06 
 
 		 517 aa  659    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  61.23 
 
 		 542 aa  672    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  62.16 
 
 		 525 aa  676    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 528 aa  1093    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  56.05 
 
 		 493 aa  600  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  56.1 
 
 		 504 aa  592  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  54.3 
 
 		 503 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  55.65 
 
 		 493 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  54.46 
 
 		 542 aa  562  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  55.44 
 
 		 493 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  53.08 
 
 		 517 aa  544  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  51.95 
 
 		 484 aa  528  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  30.58 
 
 		 556 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  28.65 
 
 		 542 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  28.66 
 
 		 557 aa  191  2e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  28.43 
 
 		 519 aa  171  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  27.45 
 
 		 527 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  26.37 
 
 		 546 aa  143  8e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  25.79 
 
 		 690 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  26.55 
 
 		 565 aa  131  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  27.2 
 
 		 553 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  25.89 
 
 		 575 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  23.95 
 
 		 568 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  23.64 
 
 		 596 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  24.14 
 
 		 568 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  25.19 
 
 		 576 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  24.95 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  26.6 
 
 		 567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  24.43 
 
 		 574 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  25.71 
 
 		 549 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.2 
 
 		 391 aa  110  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  28.27 
 
 		 400 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  26.56 
 
 		 392 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  25.09 
 
 		 561 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.78 
 
 		 392 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  23.95 
 
 		 560 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  25.06 
 
 		 387 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  24.29 
 
 		 574 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  24.29 
 
 		 574 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.95 
 
 		 573 aa  97.8  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  26.44 
 
 		 390 aa  96.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  25.32 
 
 		 413 aa  94.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  22.16 
 
 		 583 aa  93.2  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  24.74 
 
 		 404 aa  92.4  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  24.74 
 
 		 404 aa  91.3  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  25.13 
 
 		 388 aa  89.4  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  25.21 
 
 		 413 aa  84.3  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  23.51 
 
 		 397 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  25.7 
 
 		 384 aa  79.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  23.94 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  23.61 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  37.68 
 
 		 541 aa  58.9  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  37.84 
 
 		 121 aa  53.5  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  38.3 
 
 		 350 aa  53.5  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  37.66 
 
 		 163 aa  53.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  20.46 
 
 		 359 aa  51.2  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  24.51 
 
 		 353 aa  50.4  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  35 
 
 		 163 aa  50.4  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  42.11 
 
 		 123 aa  48.5  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  29.11 
 
 		 485 aa  47.8  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  34.15 
 
 		 382 aa  47.4  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  33.77 
 
 		 110 aa  47.4  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  30.3 
 
 		 476 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  39.13 
 
 		 110 aa  47  0.0009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  32.88 
 
 		 109 aa  45.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  41.79 
 
 		 154 aa  45.8  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1425  cytochrome c, class I  38.36 
 
 		 97 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0482  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33 
 
 		 326 aa  44.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  31.34 
 
 		 511 aa  44.3  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  32.18 
 
 		 98 aa  44.3  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2435  cytochrome c class I  37.33 
 
 		 97 aa  43.9  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.82 
 
 		 383 aa  43.5  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  35.14 
 
 		 139 aa  43.5  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>