128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4223 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  100 
 
 		 413 aa  854    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  63.64 
 
 		 392 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  63.12 
 
 		 392 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  57.88 
 
 		 400 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  56.07 
 
 		 404 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  56.07 
 
 		 404 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  57.14 
 
 		 391 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  54.74 
 
 		 397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  55.79 
 
 		 387 aa  462  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  52.77 
 
 		 402 aa  457  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  51.34 
 
 		 413 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  53.75 
 
 		 388 aa  442  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  51.84 
 
 		 390 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  51.84 
 
 		 384 aa  418  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  28.14 
 
 		 359 aa  141  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  28.69 
 
 		 353 aa  141  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  26.01 
 
 		 378 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  28.75 
 
 		 484 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  25.2 
 
 		 493 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  28.95 
 
 		 519 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  25.67 
 
 		 493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  27.06 
 
 		 504 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  25.98 
 
 		 542 aa  106  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  25.65 
 
 		 517 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  24.25 
 
 		 542 aa  100  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  23.68 
 
 		 503 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  26.54 
 
 		 517 aa  96.3  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  24.67 
 
 		 493 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  27.42 
 
 		 547 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.32 
 
 		 528 aa  94.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  24.48 
 
 		 527 aa  94  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  24.24 
 
 		 566 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  24.24 
 
 		 542 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  24.03 
 
 		 525 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  23.79 
 
 		 546 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  24.38 
 
 		 565 aa  69.3  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  22.83 
 
 		 690 aa  67.8  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.75 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.75 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.75 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.75 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  21.65 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  28.31 
 
 		 580 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.38 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  21.27 
 
 		 574 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  18.53 
 
 		 1667 aa  60.8  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  21 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.62 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.02 
 
 		 478 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.02 
 
 		 478 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.87 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.7 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  22.82 
 
 		 553 aa  58.9  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  22.96 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  22.46 
 
 		 819 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  25.4 
 
 		 640 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  21.43 
 
 		 556 aa  58.2  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.86 
 
 		 478 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  20.63 
 
 		 557 aa  57.4  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.48 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  21.29 
 
 		 549 aa  56.6  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  27.87 
 
 		 660 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.15 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  22.01 
 
 		 561 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.75 
 
 		 517 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.25 
 
 		 320 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 658 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.1 
 
 		 658 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.34 
 
 		 299 aa  53.9  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.25 
 
 		 320 aa  53.5  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  25.25 
 
 		 312 aa  53.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.09 
 
 		 323 aa  53.1  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.88 
 
 		 354 aa  53.1  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  20.83 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  20.77 
 
 		 568 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  20.77 
 
 		 568 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.84 
 
 		 451 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.82 
 
 		 479 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.35 
 
 		 660 aa  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  19.95 
 
 		 576 aa  51.6  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.7 
 
 		 492 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  24.46 
 
 		 776 aa  50.8  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.65 
 
 		 272 aa  50.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.3 
 
 		 607 aa  50.4  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.32 
 
 		 689 aa  50.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.33 
 
 		 493 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  22.13 
 
 		 339 aa  49.7  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.79 
 
 		 491 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.79 
 
 		 491 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.05 
 
 		 345 aa  49.3  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.36 
 
 		 314 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  19.81 
 
 		 391 aa  48.9  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  20 
 
 		 479 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.22 
 
 		 320 aa  48.5  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.75 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1984  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.95 
 
 		 464 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.584863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  19.23 
 
 		 596 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  19.48 
 
 		 335 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.89 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>