More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5392 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 377 aa  757    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  98.53 
 
 		 340 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  98.53 
 
 		 340 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  98.53 
 
 		 340 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  47.52 
 
 		 517 aa  278  9e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  43.18 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  46.25 
 
 		 348 aa  259  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  42.33 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.12 
 
 		 347 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  37.22 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.06 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.31 
 
 		 384 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  35.53 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.03 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.71 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.71 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  37.12 
 
 		 819 aa  146  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  30.42 
 
 		 1667 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  29.71 
 
 		 1094 aa  135  8e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  29.14 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  36.74 
 
 		 354 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.92 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.4 
 
 		 689 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.56 
 
 		 312 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.43 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  32.3 
 
 		 580 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.51 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.89 
 
 		 752 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  36.97 
 
 		 354 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  32 
 
 		 479 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  32 
 
 		 391 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  32.14 
 
 		 387 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  32.42 
 
 		 776 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  31.52 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  35.89 
 
 		 272 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.7 
 
 		 415 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.77 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  34.05 
 
 		 810 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.59 
 
 		 362 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.22 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.86 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.19 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.9 
 
 		 324 aa  110  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.3 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.69 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  26.9 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.19 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.48 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.94 
 
 		 328 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.14 
 
 		 335 aa  106  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  29.18 
 
 		 556 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5265  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.74 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.15 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.39 
 
 		 652 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.35 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  30.28 
 
 		 250 aa  103  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.16 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 329 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  30.95 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.7 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.7 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.47 
 
 		 320 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.77 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.68 
 
 		 320 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.65 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6812  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.27 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.444472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  28.39 
 
 		 487 aa  99.8  7e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.76 
 
 		 330 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  25.16 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.95 
 
 		 328 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.73 
 
 		 336 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.79 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  25.81 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  37.27 
 
 		 971 aa  97.8  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.78 
 
 		 479 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 		 1170 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.95 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.61 
 
 		 314 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.83 
 
 		 366 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.77 
 
 		 344 aa  97.1  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.48 
 
 		 338 aa  96.3  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.88 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.55 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.07 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  32.09 
 
 		 408 aa  94.7  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.33 
 
 		 451 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.71 
 
 		 328 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  25.81 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.23 
 
 		 329 aa  94.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3065  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.4 
 
 		 356 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 478 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.59 
 
 		 328 aa  94  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 321 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  25.09 
 
 		 331 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 478 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.64 
 
 		 821 aa  93.6  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.35 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>