109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0075 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  100 
 
 		 391 aa  783    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  60.46 
 
 		 413 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  62.6 
 
 		 392 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  62.33 
 
 		 392 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  58.14 
 
 		 404 aa  484  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  59.03 
 
 		 387 aa  484  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  58.82 
 
 		 390 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  57.88 
 
 		 404 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  60.47 
 
 		 397 aa  481  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  57.58 
 
 		 400 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  57.7 
 
 		 402 aa  473  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  57.14 
 
 		 413 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  58.15 
 
 		 388 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  55.95 
 
 		 384 aa  429  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  27.51 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  29.23 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  29.4 
 
 		 504 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  31.17 
 
 		 484 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.72 
 
 		 517 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  28.61 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  25.52 
 
 		 542 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  27.62 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  27.62 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  24.73 
 
 		 378 aa  113  7.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  27.2 
 
 		 528 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  27.96 
 
 		 493 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.96 
 
 		 503 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  26.57 
 
 		 547 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  27.2 
 
 		 542 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  27.2 
 
 		 566 aa  104  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.49 
 
 		 519 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.52 
 
 		 525 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  23.42 
 
 		 527 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  23.54 
 
 		 542 aa  84.7  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  30.05 
 
 		 546 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  23.97 
 
 		 538 aa  78.2  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  24.68 
 
 		 819 aa  69.3  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  23 
 
 		 541 aa  65.5  0.000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  21.92 
 
 		 690 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  22.69 
 
 		 553 aa  64.3  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  23.1 
 
 		 1667 aa  62  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  20.42 
 
 		 556 aa  58.9  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.79 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.72 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  24.26 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  23.49 
 
 		 810 aa  57  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.55 
 
 		 347 aa  57  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.29 
 
 		 492 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  22.76 
 
 		 561 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.32 
 
 		 451 aa  54.3  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20 
 
 		 317 aa  53.9  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  21.61 
 
 		 548 aa  53.5  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.22 
 
 		 479 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.27 
 
 		 658 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  22.16 
 
 		 387 aa  53.1  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.05 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.05 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.05 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.27 
 
 		 493 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  25.2 
 
 		 565 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35 
 
 		 658 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.16 
 
 		 334 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  35.29 
 
 		 660 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.6 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.33 
 
 		 478 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.33 
 
 		 478 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  22.76 
 
 		 776 aa  50.4  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.62 
 
 		 377 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  20.71 
 
 		 479 aa  50.1  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.37 
 
 		 348 aa  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.16 
 
 		 354 aa  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0759  WD-40 repeat-containing protein  27.69 
 
 		 307 aa  49.7  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  21.6 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.11 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.4 
 
 		 607 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.76 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.33 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.93 
 
 		 417 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.88 
 
 		 943 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  21.6 
 
 		 500 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.83 
 
 		 517 aa  47.4  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.36 
 
 		 328 aa  47.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1457  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.21 
 
 		 383 aa  47.4  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.803154  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.9 
 
 		 974 aa  47  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  20.47 
 
 		 557 aa  47  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.05 
 
 		 313 aa  46.6  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.32 
 
 		 366 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.99 
 
 		 491 aa  46.6  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.99 
 
 		 491 aa  46.6  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.75 
 
 		 406 aa  46.6  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  30.34 
 
 		 332 aa  45.8  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.69 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  22.76 
 
 		 549 aa  46.2  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4699  hypothetical protein  27.97 
 
 		 363 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.45 
 
 		 272 aa  45.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.97 
 
 		 366 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.37 
 
 		 689 aa  44.3  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.19 
 
 		 310 aa  44.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  26.56 
 
 		 1189 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.96 
 
 		 154 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>