278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1976 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  62.06 
 
 
660 aa  759    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  61.79 
 
 
658 aa  755    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  100 
 
 
640 aa  1295    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.96 
 
 
658 aa  754    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  48.5 
 
 
660 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1253  hypothetical protein  36.67 
 
 
679 aa  385  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.337339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2626  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.3 
 
 
659 aa  248  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 
347 aa  108  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.12 
 
 
348 aa  108  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28 
 
 
689 aa  103  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.86 
 
 
348 aa  103  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.5 
 
 
580 aa  103  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  27.21 
 
 
391 aa  102  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.62 
 
 
354 aa  98.6  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.27 
 
 
348 aa  98.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.57 
 
 
517 aa  97.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  29.57 
 
 
776 aa  95.9  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  27.41 
 
 
1667 aa  93.6  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.27 
 
 
752 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.88 
 
 
320 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.44 
 
 
324 aa  89  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  27.9 
 
 
335 aa  88.2  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  26.38 
 
 
332 aa  87.8  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.57 
 
 
354 aa  86.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.61 
 
 
354 aa  86.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  30.61 
 
 
314 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.74 
 
 
353 aa  86.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.03 
 
 
362 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.67 
 
 
457 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.44 
 
 
329 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.27 
 
 
324 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.44 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.04 
 
 
313 aa  84  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.92 
 
 
305 aa  84  0.000000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.87 
 
 
377 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.87 
 
 
340 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  29.2 
 
 
1094 aa  83.6  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.87 
 
 
340 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.64 
 
 
329 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.87 
 
 
340 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.92 
 
 
366 aa  83.2  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.77 
 
 
383 aa  83.2  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  25.41 
 
 
329 aa  82  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  24.23 
 
 
387 aa  82  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.93 
 
 
366 aa  82  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.76 
 
 
317 aa  82  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.46 
 
 
1170 aa  81.6  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.43 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.78 
 
 
366 aa  81.3  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  28.9 
 
 
810 aa  81.3  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.83 
 
 
314 aa  80.9  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.94 
 
 
318 aa  79.7  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  29.95 
 
 
1189 aa  79.7  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.83 
 
 
366 aa  80.5  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 
362 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24 
 
 
321 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.28 
 
 
328 aa  76.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.05 
 
 
312 aa  75.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  29.09 
 
 
479 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  22.95 
 
 
819 aa  76.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.83 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.29 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.24 
 
 
943 aa  75.1  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.18 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.75 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.04 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.56 
 
 
335 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  30.43 
 
 
335 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.18 
 
 
406 aa  73.6  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.79 
 
 
329 aa  73.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.86 
 
 
311 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.44 
 
 
384 aa  72  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.29 
 
 
821 aa  72.4  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  32.68 
 
 
971 aa  71.6  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.77 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.85 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.22 
 
 
334 aa  71.6  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.82 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.39 
 
 
336 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  26.47 
 
 
325 aa  70.1  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.86 
 
 
326 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.21 
 
 
331 aa  70.1  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.73 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.52 
 
 
488 aa  69.3  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.11 
 
 
272 aa  68.6  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.91 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.31 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.01 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  22.11 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.51 
 
 
652 aa  67.8  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.79 
 
 
451 aa  67.4  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.46 
 
 
154 aa  67.4  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  27.81 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0482  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.71 
 
 
326 aa  67.4  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  26.19 
 
 
334 aa  66.6  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.67 
 
 
328 aa  66.6  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.9 
 
 
332 aa  65.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.81 
 
 
328 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.51 
 
 
974 aa  65.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.59 
 
 
325 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>