More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3094 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  98.18 
 
 		 329 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  95.14 
 
 		 329 aa  641    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 329 aa  667    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  79.94 
 
 		 321 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  58.18 
 
 		 334 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  60 
 
 		 362 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  59.93 
 
 		 325 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  61.72 
 
 		 362 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  58.05 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.32 
 
 		 324 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.41 
 
 		 329 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.47 
 
 		 324 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.41 
 
 		 335 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.54 
 
 		 328 aa  381  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  57.63 
 
 		 328 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  57.32 
 
 		 328 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.87 
 
 		 326 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  57.01 
 
 		 328 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.13 
 
 		 328 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.01 
 
 		 327 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  57.46 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.52 
 
 		 323 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  55.24 
 
 		 329 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  53.25 
 
 		 334 aa  355  5.999999999999999e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.43 
 
 		 320 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.22 
 
 		 320 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  54.02 
 
 		 312 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  50 
 
 		 323 aa  337  9.999999999999999e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  52.33 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  50.48 
 
 		 318 aa  312  5.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  47.14 
 
 		 327 aa  301  9e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  42.31 
 
 		 329 aa  261  8.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.91 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  41.28 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.06 
 
 		 336 aa  249  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.81 
 
 		 338 aa  248  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  40.47 
 
 		 328 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.68 
 
 		 344 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.94 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.37 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.15 
 
 		 689 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  33.22 
 
 		 391 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.68 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  34.91 
 
 		 387 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  32.06 
 
 		 580 aa  156  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  31.92 
 
 		 1667 aa  154  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.65 
 
 		 354 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.87 
 
 		 354 aa  144  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.74 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.93 
 
 		 354 aa  139  7e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  31.73 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.87 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.17 
 
 		 752 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  30.3 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.06 
 
 		 366 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  29.24 
 
 		 335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  30.9 
 
 		 819 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  31.02 
 
 		 556 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  30.38 
 
 		 1094 aa  124  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.92 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.39 
 
 		 406 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.19 
 
 		 272 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  29.14 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.42 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.1 
 
 		 357 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  28.86 
 
 		 810 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.27 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.1 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5421  WD-40 repeat-containing protein  27.86 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  29.78 
 
 		 776 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  27.91 
 
 		 1189 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.88 
 
 		 347 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.37 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  28.33 
 
 		 479 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.87 
 
 		 1170 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.97 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.82 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  26.2 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.11 
 
 		 415 aa  107  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6515  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.17 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.761865  normal  0.0861969 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  31.23 
 
 		 971 aa  105  9e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.28 
 
 		 607 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.51 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  29.1 
 
 		 487 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.92 
 
 		 383 aa  99.4  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.13 
 
 		 362 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.53 
 
 		 451 aa  98.2  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.13 
 
 		 362 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.14 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.44 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.13 
 
 		 362 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.28 
 
 		 328 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1990  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.98 
 
 		 470 aa  96.7  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.14 
 
 		 325 aa  95.9  9e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 652 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.4 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>