More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0027 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 323 aa  652    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  77.74 
 
 		 320 aa  501  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  77.1 
 
 		 312 aa  497  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  77.2 
 
 		 320 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  74.69 
 
 		 334 aa  489  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  69.9 
 
 		 328 aa  437  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  65.34 
 
 		 330 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  63.27 
 
 		 327 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  66.56 
 
 		 328 aa  421  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  62.97 
 
 		 328 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  62.74 
 
 		 328 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  63.24 
 
 		 323 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  64.9 
 
 		 328 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  59.38 
 
 		 328 aa  391  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  60.81 
 
 		 335 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.84 
 
 		 329 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.52 
 
 		 329 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  54.89 
 
 		 329 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  57.14 
 
 		 325 aa  355  6.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  56.65 
 
 		 321 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  53.95 
 
 		 335 aa  343  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  55.45 
 
 		 362 aa  341  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.18 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  55.45 
 
 		 362 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.52 
 
 		 324 aa  338  8e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  51.51 
 
 		 327 aa  330  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  53.47 
 
 		 329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  51.43 
 
 		 334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  50 
 
 		 329 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  51.46 
 
 		 326 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  46.18 
 
 		 318 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.19 
 
 		 329 aa  241  9e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.06 
 
 		 328 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  40.63 
 
 		 336 aa  228  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  37.97 
 
 		 332 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.46 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.97 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.62 
 
 		 344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.06 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.64 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.19 
 
 		 689 aa  159  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  34.33 
 
 		 580 aa  158  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  33.33 
 
 		 391 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.23 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  34.09 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  34.21 
 
 		 354 aa  142  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.67 
 
 		 752 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.21 
 
 		 365 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  30.84 
 
 		 1667 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  32.3 
 
 		 1094 aa  138  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  31.42 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.46 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  32.12 
 
 		 387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.76 
 
 		 353 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.94 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  33.22 
 
 		 810 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 348 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  33.12 
 
 		 479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.31 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.37 
 
 		 406 aa  125  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.6 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  27.1 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.65 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  31.54 
 
 		 776 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  29 
 
 		 819 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.62 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  31.79 
 
 		 556 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  31.4 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.86 
 
 		 417 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.12 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  27.27 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.65 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.56 
 
 		 272 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.86 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.57 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  27.08 
 
 		 364 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  30.98 
 
 		 971 aa  106  5e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.86 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5421  WD-40 repeat-containing protein  26.24 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.29 
 
 		 451 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1470  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.22 
 
 		 479 aa  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00488394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.81 
 
 		 383 aa  102  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.76 
 
 		 1170 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5265  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.81 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  28.53 
 
 		 1189 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.75 
 
 		 517 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  29.71 
 
 		 487 aa  97.8  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.62 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  26.83 
 
 		 250 aa  95.5  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.53 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.83 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.35 
 
 		 310 aa  92.4  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.91 
 
 		 607 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.09 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.18 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.44 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.76 
 
 		 652 aa  89.4  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>