More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4004 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  100 
 
 		 417 aa  825    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  34.78 
 
 		 354 aa  152  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.72 
 
 		 317 aa  145  9e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  35.56 
 
 		 354 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  34.62 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  32.53 
 
 		 580 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.46 
 
 		 689 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.75 
 
 		 1667 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  29.83 
 
 		 387 aa  133  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.96 
 
 		 348 aa  133  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.91 
 
 		 354 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.91 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.36 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.72 
 
 		 752 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.94 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.64 
 
 		 347 aa  126  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.96 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  32.78 
 
 		 810 aa  124  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  31.02 
 
 		 819 aa  122  9e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  34.58 
 
 		 1189 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  32.2 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.17 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.85 
 
 		 348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  32.45 
 
 		 314 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  35.97 
 
 		 776 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.94 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.82 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.94 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  32.56 
 
 		 335 aa  117  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.53 
 
 		 318 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.15 
 
 		 348 aa  117  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.37 
 
 		 329 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  37.5 
 
 		 272 aa  116  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  37.7 
 
 		 479 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.99 
 
 		 1170 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.91 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  30.92 
 
 		 971 aa  113  6e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.3 
 
 		 335 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.86 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.37 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.23 
 
 		 366 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  32.39 
 
 		 1094 aa  110  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  32.14 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.61 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.65 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.53 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.67 
 
 		 362 aa  109  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.09 
 
 		 345 aa  109  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.85 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.85 
 
 		 362 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.75 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.12 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.13 
 
 		 479 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  30.27 
 
 		 335 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.14 
 
 		 365 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.45 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.9 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.02 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1984  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.37 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.584863  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.43 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.43 
 
 		 384 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.12 
 
 		 415 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.59 
 
 		 451 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.87 
 
 		 320 aa  100  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.53 
 
 		 478 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.53 
 
 		 478 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  26.32 
 
 		 330 aa  97.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.2 
 
 		 320 aa  96.7  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.31 
 
 		 370 aa  96.7  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  35.71 
 
 		 306 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.32 
 
 		 320 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.58 
 
 		 478 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.62 
 
 		 321 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  28.98 
 
 		 487 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.01 
 
 		 332 aa  94.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.68 
 
 		 491 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  24.75 
 
 		 331 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.68 
 
 		 491 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.16 
 
 		 329 aa  94  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.74 
 
 		 406 aa  94  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  28.99 
 
 		 312 aa  93.6  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  28.41 
 
 		 500 aa  93.6  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  25.08 
 
 		 331 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.35 
 
 		 324 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.1 
 
 		 607 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.81 
 
 		 329 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2064  hypothetical protein  27.24 
 
 		 329 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2191  hypothetical protein  27.63 
 
 		 329 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7052  hypothetical protein  28.3 
 
 		 392 aa  90.5  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0830249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0826  hypothetical protein  29.9 
 
 		 445 aa  90.1  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0133679 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.12 
 
 		 325 aa  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.88 
 
 		 340 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  27.91 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.32 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.88 
 
 		 340 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.88 
 
 		 340 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.83 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  34.88 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.08 
 
 		 328 aa  88.6  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>