More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1947 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 321 aa  653    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  79.94 
 
 		 329 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  79.94 
 
 		 329 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  79.94 
 
 		 329 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  62.7 
 
 		 334 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  63.97 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  63.85 
 
 		 329 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  60.53 
 
 		 362 aa  388  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  59.54 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.35 
 
 		 324 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.93 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  59.88 
 
 		 330 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  62.54 
 
 		 328 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.81 
 
 		 328 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  58.81 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.57 
 
 		 326 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  57.68 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  58.18 
 
 		 328 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.8 
 
 		 328 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  57.76 
 
 		 335 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  57.19 
 
 		 328 aa  368  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  56.05 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  56.65 
 
 		 323 aa  362  4e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.14 
 
 		 334 aa  351  8e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.21 
 
 		 320 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  51.4 
 
 		 323 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.66 
 
 		 320 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  54.49 
 
 		 312 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  52.67 
 
 		 335 aa  332  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  49.2 
 
 		 318 aa  301  8.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  45.79 
 
 		 327 aa  292  5e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  41.01 
 
 		 329 aa  255  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.57 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.77 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.4 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  40.47 
 
 		 338 aa  242  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  40 
 
 		 328 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.89 
 
 		 344 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.02 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.5 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.33 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.49 
 
 		 689 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  29.49 
 
 		 391 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.49 
 
 		 354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  31 
 
 		 387 aa  146  6e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  31.75 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.49 
 
 		 1667 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  29.1 
 
 		 580 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.22 
 
 		 354 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  31.71 
 
 		 364 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  30.27 
 
 		 1094 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.55 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  28.67 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.23 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.23 
 
 		 357 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.71 
 
 		 366 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.77 
 
 		 752 aa  126  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.7 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  29.24 
 
 		 819 aa  123  5e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5421  WD-40 repeat-containing protein  29.31 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  28.4 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.72 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.1 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.85 
 
 		 406 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.57 
 
 		 348 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.09 
 
 		 365 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.62 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.16 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  30.03 
 
 		 556 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  29.39 
 
 		 810 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  28 
 
 		 776 aa  110  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.09 
 
 		 272 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.51 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6515  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.68 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.761865  normal  0.0861969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.83 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.62 
 
 		 417 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  27.04 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  26.61 
 
 		 479 aa  102  8e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.25 
 
 		 383 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.01 
 
 		 313 aa  99.8  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  28.24 
 
 		 971 aa  97.1  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.65 
 
 		 607 aa  96.7  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  25.96 
 
 		 487 aa  96.7  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.68 
 
 		 457 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  23.87 
 
 		 1189 aa  95.9  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.88 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.33 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.08 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.68 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 362 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 377 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.95 
 
 		 1170 aa  94  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1990  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.17 
 
 		 470 aa  93.6  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.4 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.08 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>