107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2490 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 384 aa  763    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  59.24 
 
 		 388 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  58.56 
 
 		 400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  54.34 
 
 		 391 aa  432  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  56.23 
 
 		 404 aa  432  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  56.23 
 
 		 404 aa  432  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  56.33 
 
 		 392 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  56.06 
 
 		 392 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  50 
 
 		 413 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  55.64 
 
 		 413 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  53.57 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  55.47 
 
 		 397 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  53.78 
 
 		 387 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  52.33 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  28.57 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  25.69 
 
 		 378 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  26.72 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  27.94 
 
 		 542 aa  110  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  28.4 
 
 		 519 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  28.92 
 
 		 504 aa  99.8  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  29.75 
 
 		 484 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  27.7 
 
 		 493 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  26.45 
 
 		 493 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.17 
 
 		 517 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  26.51 
 
 		 517 aa  87  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  26.26 
 
 		 542 aa  84.3  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  25.45 
 
 		 527 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.7 
 
 		 528 aa  79.7  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  25.71 
 
 		 542 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  27.73 
 
 		 525 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  25.71 
 
 		 566 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  30.37 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  25.19 
 
 		 547 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  24.66 
 
 		 493 aa  73.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  26.58 
 
 		 503 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  24.44 
 
 		 819 aa  64.3  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.46 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.61 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  21.25 
 
 		 1667 aa  59.7  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.14 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.53 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.83 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.1 
 
 		 776 aa  56.6  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.47 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  22.81 
 
 		 690 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  21.02 
 
 		 556 aa  55.8  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.78 
 
 		 488 aa  55.1  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.47 
 
 		 348 aa  54.3  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  21.18 
 
 		 538 aa  54.3  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  24.53 
 
 		 329 aa  53.9  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.7 
 
 		 366 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.1 
 
 		 348 aa  53.5  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.21 
 
 		 348 aa  52.8  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.4 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  25 
 
 		 312 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.24 
 
 		 366 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.66 
 
 		 406 aa  51.6  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.66 
 
 		 320 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.57 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  25.53 
 
 		 810 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.4 
 
 		 310 aa  50.8  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.65 
 
 		 325 aa  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  22.3 
 
 		 553 aa  49.7  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  28.18 
 
 		 541 aa  49.3  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.87 
 
 		 366 aa  48.9  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.37 
 
 		 314 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.08 
 
 		 354 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.73 
 
 		 517 aa  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.62 
 
 		 658 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.45 
 
 		 329 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.88 
 
 		 335 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.14 
 
 		 317 aa  47  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.53 
 
 		 607 aa  47  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  23.98 
 
 		 565 aa  47  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.44 
 
 		 415 aa  46.6  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  21.5 
 
 		 339 aa  46.6  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.15 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.93 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.12 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.38 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.33 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.26 
 
 		 652 aa  46.2  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  28.17 
 
 		 332 aa  45.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0163  hypothetical protein  33.01 
 
 		 456 aa  45.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.12 
 
 		 329 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.53 
 
 		 478 aa  45.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.53 
 
 		 478 aa  45.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.37 
 
 		 457 aa  45.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  26.09 
 
 		 556 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.13 
 
 		 383 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.6 
 
 		 384 aa  44.3  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  24.75 
 
 		 387 aa  44.3  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.47 
 
 		 336 aa  44.3  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.9 
 
 		 658 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  19.8 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.19 
 
 		 311 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.73 
 
 		 329 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.93 
 
 		 328 aa  43.5  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>