199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0163 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0163  hypothetical protein  100 
 
 		 456 aa  912    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3037  hypothetical protein  71.93 
 
 		 433 aa  606  9.999999999999999e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.701373 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7052  hypothetical protein  56.82 
 
 		 392 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0830249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.21 
 
 		 384 aa  382  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.93 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0826  hypothetical protein  53.37 
 
 		 445 aa  353  2.9999999999999997e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0133679 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1613  hypothetical protein  47.37 
 
 		 426 aa  350  2e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.144608  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7977  hypothetical protein  45.25 
 
 		 497 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.37687  normal  0.148037 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  28.53 
 
 		 330 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  29.47 
 
 		 339 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  27.73 
 
 		 331 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  27.1 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.6 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.67 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.86 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1486  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.44 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.3 
 
 		 299 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1437  hypothetical protein  28.44 
 
 		 306 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1117  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.09 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.949748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3159  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.62 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1516  hypothetical protein  27.41 
 
 		 339 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.610036  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  27.99 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  27.99 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2191  hypothetical protein  26.65 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  27.99 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2064  hypothetical protein  26.65 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2620  hypothetical protein  25.83 
 
 		 339 aa  100  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0272263  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5007  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.86 
 
 		 410 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5463  hypothetical protein  27.24 
 
 		 329 aa  99  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.65 
 
 		 317 aa  97.8  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1839  hypothetical protein  27.38 
 
 		 330 aa  97.8  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.172437  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1104  hypothetical protein  26.56 
 
 		 324 aa  97.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2094  hypothetical protein  26.85 
 
 		 343 aa  97.1  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1749  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472818  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2775  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2258  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.61196  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3062  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0002291  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2696  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0538504  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1529  hypothetical protein  26.54 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.435429  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2640  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.3  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.01 
 
 		 689 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1184  hypothetical protein  25.94 
 
 		 324 aa  92.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.362079 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  28 
 
 		 580 aa  92  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.89 
 
 		 362 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.96 
 
 		 335 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.54 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.14 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.27 
 
 		 353 aa  87.8  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.6 
 
 		 324 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.57 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  29.46 
 
 		 387 aa  87  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1627  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.63 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0205885  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  25.79 
 
 		 1667 aa  85.5  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.63 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.4 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.74 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.68 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.63 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.63 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.63 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.75 
 
 		 417 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2785  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.48 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0917922  hitchhiker  0.00370167 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.71 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1802  hypothetical protein  24.46 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000263268 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2081  hypothetical protein  26.2 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.15 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.84 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.86 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.73 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.31 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.03 
 
 		 776 aa  73.6  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.95 
 
 		 457 aa  73.2  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.82 
 
 		 347 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  30.36 
 
 		 810 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.88 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.48 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.17 
 
 		 328 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.52 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.6 
 
 		 1094 aa  71.6  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.08 
 
 		 752 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.16 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.11 
 
 		 478 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  27.65 
 
 		 556 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.09 
 
 		 329 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.11 
 
 		 478 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  29.08 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.92 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.14 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.78 
 
 		 338 aa  67  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.28 
 
 		 488 aa  67  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.55 
 
 		 334 aa  66.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.51 
 
 		 819 aa  66.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.97 
 
 		 332 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.35 
 
 		 1170 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.22 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.66 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.6 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.6 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.62 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.61 
 
 		 478 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>