79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0070 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  56.63 
 
 
542 aa  639    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  64.9 
 
 
528 aa  687    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  100 
 
 
517 aa  1066    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  61.09 
 
 
525 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  58.82 
 
 
493 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  58.48 
 
 
542 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  58.48 
 
 
566 aa  611  1e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  60.64 
 
 
547 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  58.4 
 
 
503 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  56.81 
 
 
504 aa  595  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  54.49 
 
 
493 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  54.97 
 
 
493 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  52.91 
 
 
517 aa  558  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  51.96 
 
 
484 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  30.71 
 
 
542 aa  246  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  32.34 
 
 
556 aa  246  8e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  29.09 
 
 
557 aa  199  1.0000000000000001e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  25.73 
 
 
690 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  27.38 
 
 
527 aa  163  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  27.31 
 
 
575 aa  163  8.000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.84 
 
 
519 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  27.8 
 
 
548 aa  159  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  26.01 
 
 
567 aa  156  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  27.13 
 
 
546 aa  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  26.2 
 
 
568 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  26.01 
 
 
568 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  25.56 
 
 
553 aa  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  24.86 
 
 
549 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  27.89 
 
 
565 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  25.24 
 
 
576 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  25 
 
 
561 aa  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  24.62 
 
 
596 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  24.76 
 
 
574 aa  141  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  24.96 
 
 
560 aa  137  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  23.82 
 
 
583 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  28.61 
 
 
391 aa  120  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  29.29 
 
 
390 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  23.71 
 
 
574 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  23.71 
 
 
574 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.8 
 
 
573 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  26.51 
 
 
400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  28.78 
 
 
413 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.46 
 
 
392 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  25.61 
 
 
387 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  24.94 
 
 
404 aa  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.39 
 
 
392 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  24.94 
 
 
404 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  26.54 
 
 
413 aa  100  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  25.51 
 
 
397 aa  90.9  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  26.8 
 
 
384 aa  88.6  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  24.65 
 
 
402 aa  85.1  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  24.48 
 
 
388 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  27.61 
 
 
541 aa  62.8  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  25.06 
 
 
538 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  34.34 
 
 
476 aa  60.8  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  22.32 
 
 
359 aa  51.2  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  39.13 
 
 
163 aa  50.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.82 
 
 
652 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  30.1 
 
 
163 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  34.78 
 
 
123 aa  48.9  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  40 
 
 
154 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  35 
 
 
121 aa  45.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.57 
 
 
660 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5421  WD-40 repeat-containing protein  26.2 
 
 
354 aa  45.8  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  36.73 
 
 
110 aa  45.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  34.94 
 
 
462 aa  45.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  23.56 
 
 
378 aa  44.7  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2356  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.43 
 
 
498 aa  44.7  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2435  cytochrome c class I  38.03 
 
 
97 aa  44.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  23.21 
 
 
353 aa  44.3  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  40.32 
 
 
285 aa  44.3  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1441  Pyrrolo-quinoline quinone  52 
 
 
708 aa  44.3  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0121309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1425  cytochrome c, class I  36.62 
 
 
97 aa  44.3  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2522  cytochrome c class I  37.14 
 
 
97 aa  43.9  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1165  hypothetical protein  35.2 
 
 
325 aa  43.5  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  35.48 
 
 
98 aa  43.5  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  35.29 
 
 
513 aa  43.5  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  27.66 
 
 
1242 aa  43.5  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  36.23 
 
 
143 aa  43.5  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>