265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4934 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  100 
 
 
491 aa  999    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  74.79 
 
 
493 aa  719    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  66.05 
 
 
478 aa  652    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  66.05 
 
 
478 aa  652    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  73.78 
 
 
500 aa  721    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  73.03 
 
 
492 aa  741    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  68.16 
 
 
478 aa  651    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  100 
 
 
491 aa  999    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  65.96 
 
 
479 aa  634  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1984  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  50.82 
 
 
464 aa  427  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.584863  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.18 
 
 
1667 aa  111  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  30.31 
 
 
387 aa  110  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.58 
 
 
415 aa  109  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.32 
 
 
366 aa  107  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.18 
 
 
353 aa  106  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.3 
 
 
366 aa  104  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.53 
 
 
354 aa  102  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.79 
 
 
354 aa  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  30.72 
 
 
580 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.86 
 
 
317 aa  98.6  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  29.62 
 
 
810 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.64 
 
 
689 aa  94.4  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  29.61 
 
 
335 aa  93.2  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.51 
 
 
354 aa  93.2  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.26 
 
 
417 aa  92.8  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  28.52 
 
 
1094 aa  89  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  30.3 
 
 
776 aa  88.2  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  33.59 
 
 
819 aa  85.5  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.2 
 
 
457 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  30.68 
 
 
556 aa  85.1  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.22 
 
 
344 aa  85.1  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.3 
 
 
336 aa  84  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  28.53 
 
 
479 aa  83.6  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.36 
 
 
348 aa  83.2  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.67 
 
 
752 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.11 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  31.23 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.82 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.82 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.73 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.43 
 
 
406 aa  80.1  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.5 
 
 
974 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.47 
 
 
338 aa  78.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.16 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.95 
 
 
334 aa  78.2  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.29 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.98 
 
 
377 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.82 
 
 
312 aa  77  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.08 
 
 
314 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 
335 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.78 
 
 
329 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.34 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.13 
 
 
384 aa  75.5  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.61 
 
 
327 aa  75.5  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.34 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.34 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.45 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.9 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.94 
 
 
362 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7052  hypothetical protein  25.38 
 
 
392 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0830249 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6812  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.24 
 
 
363 aa  73.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.444472  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.42 
 
 
334 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.66 
 
 
517 aa  73.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.54 
 
 
323 aa  72.8  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.96 
 
 
314 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6860  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.73 
 
 
358 aa  70.9  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.86 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.06 
 
 
383 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.84 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.53 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.86 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.45 
 
 
329 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.25 
 
 
943 aa  68.2  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.27 
 
 
329 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.53 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.24 
 
 
323 aa  68.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.65 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  29.68 
 
 
971 aa  67.8  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.94 
 
 
272 aa  67.8  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.54 
 
 
488 aa  67.4  0.0000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.9 
 
 
370 aa  67  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.09 
 
 
329 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.95 
 
 
332 aa  67  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  25.83 
 
 
329 aa  66.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.91 
 
 
324 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1767  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.75 
 
 
433 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.09 
 
 
330 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.16 
 
 
1170 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.14 
 
 
316 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1470  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.16 
 
 
479 aa  64.7  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00488394  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.53 
 
 
328 aa  64.3  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.2 
 
 
328 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.81 
 
 
366 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.78 
 
 
451 aa  63.9  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.99 
 
 
305 aa  63.5  0.000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511755  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.99 
 
 
318 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.54 
 
 
328 aa  63.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.38 
 
 
327 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.01 
 
 
320 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>