50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3274 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  61.61 
 
 		 549 aa  666    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  59.96 
 
 		 574 aa  666    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  72.11 
 
 		 560 aa  853    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 561 aa  1152    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  59.04 
 
 		 576 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  61.79 
 
 		 567 aa  661    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  59.96 
 
 		 574 aa  666    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  58.5 
 
 		 573 aa  640    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  59.45 
 
 		 575 aa  658    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  56.05 
 
 		 568 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  56.05 
 
 		 568 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  54.46 
 
 		 574 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  53.42 
 
 		 596 aa  583  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  52.88 
 
 		 583 aa  568  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  52.89 
 
 		 553 aa  550  1e-155  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  50.82 
 
 		 690 aa  525  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  47.54 
 
 		 565 aa  473  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  43.33 
 
 		 548 aa  462  1e-129  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  44.4 
 
 		 542 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  26.55 
 
 		 542 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  26.36 
 
 		 546 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  26.85 
 
 		 484 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  23.73 
 
 		 504 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  23.7 
 
 		 517 aa  133  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.67 
 
 		 503 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  24.12 
 
 		 493 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  25.87 
 
 		 519 aa  124  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26.49 
 
 		 542 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  22.94 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  25.94 
 
 		 566 aa  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  25.32 
 
 		 547 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  25.36 
 
 		 525 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  22.88 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  24.91 
 
 		 517 aa  114  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  24.53 
 
 		 527 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  25.09 
 
 		 528 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  26.01 
 
 		 538 aa  83.2  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25 
 
 		 541 aa  82.8  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  21.29 
 
 		 557 aa  80.1  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  19.65 
 
 		 556 aa  77  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  22.65 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  22.01 
 
 		 413 aa  56.2  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  23.58 
 
 		 413 aa  55.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.76 
 
 		 391 aa  55.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  23.1 
 
 		 402 aa  55.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  22.67 
 
 		 400 aa  54.3  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.28 
 
 		 392 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  22.52 
 
 		 392 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  34.57 
 
 		 154 aa  45.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  23.12 
 
 		 387 aa  43.9  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>