More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0077 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0077  30S ribosomal protein S4P  100 
 
 		 216 aa  439  9.999999999999999e-123  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0037  30S ribosomal protein S4P  64.52 
 
 		 184 aa  261  4e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1619  30S ribosomal protein S4P  54.95 
 
 		 183 aa  205  3e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2387  30S ribosomal protein S4P  52 
 
 		 181 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.331094  normal  0.66938 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2901  30S ribosomal protein S4P  49.43 
 
 		 181 aa  177  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2224  30S ribosomal protein S4P  51.14 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1801  30S ribosomal protein S4P  50 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147092  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1246  30S ribosomal protein S4P  49.43 
 
 		 181 aa  165  4e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0000703727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1397  ribosomal protein S4  50.56 
 
 		 187 aa  165  4e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.861603  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1100  30S ribosomal protein S4P  47.46 
 
 		 177 aa  165  5e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2523  30S ribosomal protein S4P  45.93 
 
 		 169 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0154222  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2553  ribosomal protein S4  47.67 
 
 		 173 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2590  30S ribosomal protein S4P  45.35 
 
 		 173 aa  155  4e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.325159  normal  0.37704 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0273  30S ribosomal protein S4P  45.05 
 
 		 178 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0421  ribosomal protein S4  46.51 
 
 		 173 aa  153  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1817  30S ribosomal protein S4P  45.35 
 
 		 175 aa  151  7e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0565  30S ribosomal protein S4P  43.96 
 
 		 178 aa  150  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.75862 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0258  30S ribosomal protein S4P  47.06 
 
 		 172 aa  150  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1353  30S ribosomal protein S4P  43.96 
 
 		 178 aa  149  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.49235  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0631  30S ribosomal protein S4P  44.51 
 
 		 178 aa  149  3e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1054  ribosomal protein S4  45.29 
 
 		 181 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00520973  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02160  hypothetical protein  40 
 
 		 193 aa  123  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04803  hypothetical protein similar to 40S ribosomal protein S9 (Broad)  38.55 
 
 		 193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_77059  predicted protein  35.76 
 
 		 189 aa  114  8.999999999999998e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.425894  normal  0.528605 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_94716  Ribosomal protein S9, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  37.65 
 
 		 194 aa  113  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.321448 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2147  30S ribosomal protein S4P  44.05 
 
 		 180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000000057291  hitchhiker  0.000326283 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1103  30S ribosomal protein S4P  39.88 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.798829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_6847  predicted protein  37.27 
 
 		 167 aa  108  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.118356  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1893  30S ribosomal protein S4P  45.64 
 
 		 159 aa  101  1e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0324  30S ribosomal protein S4P  37.8 
 
 		 201 aa  99.4  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1422  30S ribosomal protein S4P  43.15 
 
 		 159 aa  97.1  2e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.186865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0971  30S ribosomal protein S4P  42.47 
 
 		 159 aa  95.5  6e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.160491 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0909  30S ribosomal protein S4P  42.04 
 
 		 159 aa  94  1e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  51.85 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  48.15 
 
 		 205 aa  62  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  30.15 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  43.53 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  51.92 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  57.78 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  46.03 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0292  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188387  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf682  ribosomal protein S4  38.46 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000995603  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0176  ribosomal protein S4  39.76 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18917  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  32.09 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  55.56 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  40.91 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  50 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  46.3 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0874  30S ribosomal protein S4  37.5 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.0803992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1018  30S ribosomal protein S4  37.5 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000010559  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19720  SSU ribosomal protein S4P  43.08 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000575799  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2668  30S ribosomal protein S4  43.14 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.544911  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2354  30S ribosomal protein S4  43.14 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0501  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000100385  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  35.8 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  44.62 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0478  30S ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000852694  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1548  ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 203 aa  54.3  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  41.33 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  41.33 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  56.1 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  41.33 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  37.65 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12750  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.104394  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0632  30S ribosomal protein S4  39.68 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000140472  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  41.54 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  42.19 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3152  ribosomal protein S4  52.27 
 
 		 203 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  51.11 
 
 		 203 aa  52.8  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  53.66 
 
 		 262 aa  52.8  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_443  ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000105703  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  41.67 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>