More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04260 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 202 aa  408  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  86.57 
 
 		 201 aa  360  8e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  79.6 
 
 		 201 aa  337  8e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  79.6 
 
 		 201 aa  330  8e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  79.6 
 
 		 201 aa  330  8e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  79.6 
 
 		 201 aa  330  8e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  76.62 
 
 		 201 aa  328  4e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  77.61 
 
 		 201 aa  325  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  77.61 
 
 		 201 aa  325  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  74.75 
 
 		 202 aa  324  7e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  76.62 
 
 		 201 aa  320  9.999999999999999e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  70.65 
 
 		 202 aa  304  5.0000000000000004e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  70.65 
 
 		 201 aa  302  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  62.98 
 
 		 208 aa  269  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  62.5 
 
 		 208 aa  263  8.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  62.98 
 
 		 208 aa  262  2e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  62.98 
 
 		 208 aa  260  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  258  6e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  62.02 
 
 		 208 aa  255  3e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  61.06 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  60.77 
 
 		 209 aa  251  5.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 209 aa  244  9e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  57.42 
 
 		 209 aa  238  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  57.64 
 
 		 200 aa  217  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  57.21 
 
 		 208 aa  214  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  214  5e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 206 aa  214  9e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  55.94 
 
 		 200 aa  211  9e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  54.81 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  208  5e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  207  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  206  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  53.4 
 
 		 203 aa  205  5e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  54.46 
 
 		 200 aa  204  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  54.19 
 
 		 203 aa  204  8e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  204  8e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  54.41 
 
 		 201 aa  202  2e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  201  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 		 203 aa  202  4e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  201  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  201  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  52.97 
 
 		 200 aa  201  7e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  52.97 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  55.67 
 
 		 204 aa  199  3e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  199  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 		 200 aa  199  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  198  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  53.66 
 
 		 202 aa  197  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 		 206 aa  197  6e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  197  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  197  9e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  51.49 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  53.4 
 
 		 206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 206 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 209 aa  193  1e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 209 aa  193  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  52.43 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>