More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0416 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  421  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  84.88 
 
 		 204 aa  363  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 206 aa  318  3.9999999999999996e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  72.68 
 
 		 205 aa  314  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 205 aa  310  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  309  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  308  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  308  5e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  71.71 
 
 		 205 aa  307  6.999999999999999e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  307  9e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  72.68 
 
 		 205 aa  305  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  69.76 
 
 		 205 aa  304  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 206 aa  303  8.000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  69.76 
 
 		 206 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  303  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  69.76 
 
 		 205 aa  302  2.0000000000000002e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  69.76 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 206 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 206 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  301  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 206 aa  300  9e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 206 aa  300  1e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  71.71 
 
 		 205 aa  299  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  70.1 
 
 		 205 aa  299  2e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  67.32 
 
 		 206 aa  298  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 205 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  297  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 		 205 aa  296  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  67.32 
 
 		 205 aa  294  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 205 aa  293  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  66.34 
 
 		 205 aa  292  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  66.34 
 
 		 205 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  65.85 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  63.9 
 
 		 203 aa  268  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  62.44 
 
 		 203 aa  259  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 		 202 aa  214  8e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 		 202 aa  213  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 204 aa  204  6e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  62.77 
 
 		 146 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  43.63 
 
 		 205 aa  184  1.0000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  47.55 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  47.55 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  44.66 
 
 		 203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  45.15 
 
 		 203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  46.05 
 
 		 209 aa  171  5e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  171  5.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.09 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 208 aa  169  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  169  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  168  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 206 aa  167  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  45.33 
 
 		 209 aa  167  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  43.2 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  45.75 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  45.88 
 
 		 200 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  164  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0915  30S ribosomal protein S4  42.11 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  48.24 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  44.34 
 
 		 208 aa  161  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  44.65 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>