More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0105 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  419  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  88.29 
 
 		 205 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  360  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  360  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  82.44 
 
 		 205 aa  359  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  82.44 
 
 		 205 aa  357  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  80.49 
 
 		 205 aa  353  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  80.49 
 
 		 205 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  80.49 
 
 		 205 aa  351  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  344  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  344  5e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  344  6e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 206 aa  343  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 206 aa  342  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 206 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  340  7e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  339  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 206 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  337  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 206 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 206 aa  337  9.999999999999999e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  335  3.9999999999999995e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  332  3e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  331  6e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 206 aa  328  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  304  6e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  68.63 
 
 		 205 aa  303  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 203 aa  300  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 204 aa  295  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  68.63 
 
 		 205 aa  294  5e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  63.41 
 
 		 203 aa  284  7e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  65.37 
 
 		 204 aa  280  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  52.02 
 
 		 202 aa  214  5e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  52.53 
 
 		 202 aa  213  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 204 aa  206  2e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  66.42 
 
 		 146 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  42.92 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  43.15 
 
 		 203 aa  158  6e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  41.62 
 
 		 203 aa  157  9e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  41.62 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  48.09 
 
 		 209 aa  157  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 209 aa  156  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  42.45 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.19 
 
 		 211 aa  154  8e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  154  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  48.63 
 
 		 209 aa  153  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  40.78 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  44.26 
 
 		 209 aa  153  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  44.61 
 
 		 208 aa  152  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  40.57 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 206 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  151  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 208 aa  151  5e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  42.03 
 
 		 207 aa  151  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  151  7e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 208 aa  151  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  42.62 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  43.17 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 203 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  42.62 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  39.62 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  40.57 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  41.55 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  42.08 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  44.61 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  44.61 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  46.2 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  40.57 
 
 		 208 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  42.45 
 
 		 208 aa  149  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  43.28 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 206 aa  148  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>