More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0664 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 204 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  84.88 
 
 		 205 aa  363  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  74.51 
 
 		 204 aa  328  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 206 aa  318  3e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  317  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  317  7.999999999999999e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  316  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  315  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  310  6.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  310  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  310  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 206 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 206 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  310  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  309  2e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 206 aa  308  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 206 aa  307  6.999999999999999e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 206 aa  307  8e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  306  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  306  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  305  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 205 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 205 aa  305  4.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  304  6e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  303  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 206 aa  303  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  302  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  71.71 
 
 		 205 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 205 aa  301  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 205 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 205 aa  299  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 		 205 aa  298  4e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  67.65 
 
 		 205 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  66.34 
 
 		 204 aa  280  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  63.41 
 
 		 203 aa  268  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  62.44 
 
 		 203 aa  264  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  52.53 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  53.54 
 
 		 202 aa  209  2e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  70.8 
 
 		 146 aa  201  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  47.32 
 
 		 204 aa  196  3e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  48.34 
 
 		 208 aa  181  7e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 209 aa  180  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 209 aa  180  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 205 aa  177  7e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  45.79 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  48.51 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0915  30S ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 209 aa  174  6e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  45.97 
 
 		 208 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  45.83 
 
 		 208 aa  171  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 208 aa  171  5e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  171  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  48.5 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  48.9 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  45.02 
 
 		 208 aa  169  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.88 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  43.46 
 
 		 209 aa  169  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 206 aa  169  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  44.55 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  45.97 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  44.55 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  168  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  44.55 
 
 		 208 aa  167  8e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 206 aa  167  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  43.63 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 209 aa  167  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  45.97 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  48.35 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>