More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1777 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  96.1 
 
 		 205 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  96.1 
 
 		 205 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  92.68 
 
 		 205 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  91.22 
 
 		 205 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  89.76 
 
 		 205 aa  388  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  87.32 
 
 		 205 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  354  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  354  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  354  5.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 206 aa  352  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  351  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  351  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  351  5e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  350  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  348  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  348  3e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  348  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  348  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  347  9e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 206 aa  346  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 206 aa  346  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  345  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  344  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 206 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 206 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 206 aa  339  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 206 aa  338  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  338  4e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 204 aa  310  6.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  305  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 		 205 aa  302  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  65.37 
 
 		 203 aa  295  3e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  64.39 
 
 		 204 aa  291  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  62.93 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  63.41 
 
 		 204 aa  275  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  72.26 
 
 		 146 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  47.98 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  48.99 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  47.32 
 
 		 204 aa  201  7e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 205 aa  173  1.9999999999999998e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  46.46 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  46 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  45.73 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 203 aa  161  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.99 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 200 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  42.45 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  47.54 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  41.98 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  45.81 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  46.8 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  43.2 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 206 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  47.54 
 
 		 208 aa  159  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  158  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 209 aa  158  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  42.92 
 
 		 208 aa  158  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 200 aa  158  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 200 aa  158  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  41.21 
 
 		 203 aa  158  7e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  157  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.69 
 
 		 211 aa  157  9e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>