More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1927 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  92.2 
 
 		 205 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  92.2 
 
 		 205 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  88.78 
 
 		 205 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  86.34 
 
 		 205 aa  371  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  85.37 
 
 		 205 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  85.85 
 
 		 205 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  84.39 
 
 		 205 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 206 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  81.95 
 
 		 206 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  81.95 
 
 		 206 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  356  9.999999999999999e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 206 aa  354  5.999999999999999e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  81.95 
 
 		 206 aa  351  4e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 206 aa  350  8.999999999999999e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 206 aa  348  3e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  347  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  344  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 206 aa  343  7e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  340  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  335  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  334  5.999999999999999e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  76.47 
 
 		 205 aa  334  7e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  75.98 
 
 		 205 aa  329  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  328  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 205 aa  326  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  325  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  324  6e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  321  4e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 204 aa  312  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 203 aa  311  4.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  307  9e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 204 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  69.27 
 
 		 203 aa  304  7e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  64.88 
 
 		 204 aa  290  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  81.02 
 
 		 146 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 204 aa  211  4.9999999999999996e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  48.99 
 
 		 202 aa  202  2e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  48.99 
 
 		 202 aa  201  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  42.16 
 
 		 205 aa  181  8.000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  167  7e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  165  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  165  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  164  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 209 aa  164  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 209 aa  164  8e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 203 aa  162  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  43.54 
 
 		 203 aa  162  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  161  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  44.34 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  45.07 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 203 aa  159  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  43.54 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.71 
 
 		 211 aa  160  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  43.87 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  44.86 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 201 aa  158  4e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 207 aa  157  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  45.75 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  45.75 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>