More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4737 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  421  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  421  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  98.54 
 
 		 205 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  93.17 
 
 		 205 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  91.22 
 
 		 205 aa  390  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  90.73 
 
 		 205 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  360  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  358  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  354  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  345  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  342  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  339  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  338  4e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  337  7e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  337  8e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  336  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 206 aa  337  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  336  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  335  2.9999999999999997e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 206 aa  333  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 205 aa  326  1.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  325  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  324  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  324  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  323  8.000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 205 aa  313  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  310  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  70.1 
 
 		 205 aa  300  9e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  68.14 
 
 		 205 aa  299  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 		 204 aa  295  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 203 aa  294  5e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  63.9 
 
 		 203 aa  282  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  65.37 
 
 		 204 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  51.74 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  50.75 
 
 		 202 aa  211  9e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  65.73 
 
 		 146 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 204 aa  197  7e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  41.67 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  50.82 
 
 		 208 aa  171  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  167  8e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 208 aa  167  8e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 209 aa  165  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 209 aa  165  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  43.87 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  43.66 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  42.92 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  160  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  46.57 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  45.9 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  47.06 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  42.45 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  42.38 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  42.92 
 
 		 209 aa  159  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  42.13 
 
 		 203 aa  158  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  41.75 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  42.92 
 
 		 208 aa  158  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  43.33 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  158  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.72 
 
 		 211 aa  158  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  43.15 
 
 		 203 aa  158  7e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  41.9 
 
 		 206 aa  157  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.99 
 
 		 209 aa  157  8e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  42.13 
 
 		 203 aa  157  8e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 208 aa  157  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  45.9 
 
 		 208 aa  157  9e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>