More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4303 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  421  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  86.89 
 
 		 206 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  86.41 
 
 		 206 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  86.41 
 
 		 206 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 		 206 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  86.89 
 
 		 206 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  83.98 
 
 		 206 aa  370  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  80.98 
 
 		 205 aa  356  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  80.98 
 
 		 205 aa  355  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  355  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  350  8.999999999999999e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  349  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  348  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  346  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  345  2e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  344  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  344  6e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  343  8e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  343  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  343  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  75.73 
 
 		 206 aa  335  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  334  5.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  334  5.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  333  7.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  332  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  331  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  326  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  72.55 
 
 		 205 aa  322  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  70.1 
 
 		 205 aa  316  2e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  69.76 
 
 		 204 aa  310  7.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 203 aa  308  2e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  307  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  67.32 
 
 		 203 aa  300  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  67.32 
 
 		 205 aa  298  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  61.95 
 
 		 204 aa  282  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  72.03 
 
 		 146 aa  222  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 204 aa  217  1e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  50.51 
 
 		 202 aa  211  7e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  48.48 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  44.61 
 
 		 205 aa  191  7e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  45.97 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  170  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 203 aa  169  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  45.18 
 
 		 203 aa  167  7e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  44.81 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  165  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  45.23 
 
 		 203 aa  165  4e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  164  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  164  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  45.23 
 
 		 203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.15 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  44.22 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  43 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  161  6e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  161  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  44.22 
 
 		 203 aa  161  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 203 aa  160  9e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  43.72 
 
 		 209 aa  160  9e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>