More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0868 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  100 
 
 		 200 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 202 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  65.67 
 
 		 201 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  63.18 
 
 		 201 aa  277  9e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  60.7 
 
 		 201 aa  260  8e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  61.69 
 
 		 201 aa  258  4e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  59.7 
 
 		 201 aa  258  5.0000000000000005e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  59.7 
 
 		 201 aa  250  8.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.19 
 
 		 200 aa  249  1e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  58.71 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  58.21 
 
 		 201 aa  246  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  222  4e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  55.56 
 
 		 207 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  53.23 
 
 		 200 aa  218  6e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 207 aa  217  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 207 aa  217  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  52.2 
 
 		 205 aa  215  2.9999999999999998e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  214  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 203 aa  214  7e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  214  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  50.73 
 
 		 205 aa  214  9e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  213  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  52 
 
 		 200 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  212  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  53.11 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 207 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 207 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 207 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 207 aa  211  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 206 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 213 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 206 aa  208  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0075  ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 207 aa  207  6e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000794352 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0307  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0605  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000812639  normal  0.600341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  54.11 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.98 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3891  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000651911  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  54.59 
 
 		 206 aa  207  8e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 206 aa  207  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 206 aa  207  8e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  53.62 
 
 		 207 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  206  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  206  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  206  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  51.49 
 
 		 200 aa  206  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 207 aa  206  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  52.66 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 207 aa  205  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 206 aa  205  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 		 206 aa  205  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 207 aa  205  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>