More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0500 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  412  1e-114  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1226  30S ribosomal protein S4  73.63 
 
 		 224 aa  319  1.9999999999999998e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  73 
 
 		 203 aa  315  3e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  71.14 
 
 		 203 aa  304  5.0000000000000004e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  71.29 
 
 		 262 aa  303  1.0000000000000001e-81  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  71.14 
 
 		 203 aa  302  3.0000000000000004e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  68.66 
 
 		 203 aa  291  4e-78  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 200 aa  275  4e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  65.67 
 
 		 200 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  66.17 
 
 		 200 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  65.67 
 
 		 200 aa  271  4.0000000000000004e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  65.67 
 
 		 200 aa  271  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  64.18 
 
 		 200 aa  270  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  65.17 
 
 		 200 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  65.17 
 
 		 200 aa  267  8e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  64.68 
 
 		 200 aa  263  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  64.68 
 
 		 200 aa  263  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl586  30S ribosomal protein S4  51.71 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000352215  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 208 aa  207  6e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0237  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 208 aa  204  7e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0862147  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  52.38 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  51.69 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 208 aa  201  7e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 205 aa  201  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 202 aa  200  9e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  49.01 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  50 
 
 		 205 aa  199  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  47.76 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  48.51 
 
 		 201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  198  5e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  194  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 208 aa  191  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 208 aa  191  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 201 aa  191  7e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  47.29 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 211 aa  188  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 209 aa  188  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  46.53 
 
 		 200 aa  188  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  46.04 
 
 		 201 aa  188  5.999999999999999e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 206 aa  184  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 206 aa  184  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  46.57 
 
 		 203 aa  184  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  45.59 
 
 		 203 aa  184  7e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  47.6 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  46.08 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  47.39 
 
 		 207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 208 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  48.56 
 
 		 206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0566  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 202 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 208 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0324  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000000226614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  47.39 
 
 		 207 aa  182  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4418  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 202 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000122066  normal  0.206155 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4356  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 202 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 201 aa  182  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 206 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.05 
 
 		 200 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>