More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2583 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  422  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  348  3e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  345  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  343  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  79.13 
 
 		 206 aa  342  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  77.67 
 
 		 206 aa  341  5e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  340  9e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  337  5e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  337  5.9999999999999996e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  75.24 
 
 		 206 aa  336  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  74.76 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  74.76 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  75.73 
 
 		 206 aa  335  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  75.73 
 
 		 206 aa  335  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  334  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  334  5.999999999999999e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  333  7.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  333  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  333  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  331  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  331  5e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  330  7.000000000000001e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  329  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  329  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  328  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  320  8e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 204 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  318  3.9999999999999996e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  317  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  70.59 
 
 		 205 aa  311  2.9999999999999996e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  68.14 
 
 		 205 aa  300  7.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  65.85 
 
 		 204 aa  287  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  65.37 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  66.34 
 
 		 204 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  62.93 
 
 		 203 aa  281  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  70.8 
 
 		 146 aa  207  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  48.29 
 
 		 204 aa  204  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  49.49 
 
 		 202 aa  203  1e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 202 aa  203  1e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  41.18 
 
 		 205 aa  177  1e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  50.26 
 
 		 208 aa  172  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 206 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  170  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  45.69 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  47.29 
 
 		 206 aa  169  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 203 aa  169  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  167  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 206 aa  167  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  45.69 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  47.24 
 
 		 205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 203 aa  165  4e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 206 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  48.77 
 
 		 206 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  48.26 
 
 		 206 aa  164  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.28 
 
 		 206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.63 
 
 		 211 aa  162  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  43.75 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  44.34 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 209 aa  162  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 209 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 209 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  161  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 200 aa  161  6e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  161  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  161  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  42.72 
 
 		 201 aa  161  8.000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  42.11 
 
 		 203 aa  161  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  44.86 
 
 		 209 aa  160  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  160  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  46.83 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 208 aa  159  3e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  46.8 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  159  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>