More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3980 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  100 
 
 		 209 aa  426  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  69.38 
 
 		 208 aa  300  7.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  68.9 
 
 		 208 aa  300  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  67.46 
 
 		 208 aa  295  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  66.03 
 
 		 208 aa  295  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  66.99 
 
 		 208 aa  294  5e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  65.55 
 
 		 208 aa  293  9e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  65.55 
 
 		 208 aa  286  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  62.38 
 
 		 209 aa  280  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 208 aa  278  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 208 aa  278  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 208 aa  278  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  63.16 
 
 		 208 aa  272  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  61.24 
 
 		 208 aa  267  7e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  61.72 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  60.29 
 
 		 208 aa  265  2.9999999999999995e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  264  8e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  263  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  261  6e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  260  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 206 aa  260  1e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  62.68 
 
 		 208 aa  259  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.33 
 
 		 208 aa  258  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  58.85 
 
 		 208 aa  257  7e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  255  4e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 208 aa  251  6e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  251  7e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 209 aa  246  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  57.89 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 206 aa  244  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 206 aa  244  8e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  242  3e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  57.42 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  57.42 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  238  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 209 aa  238  5.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  56.94 
 
 		 209 aa  237  9e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  232  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  231  5e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 206 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  52.15 
 
 		 209 aa  230  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  230  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.5 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  57.62 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  229  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  228  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 206 aa  228  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 206 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  227  8e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 206 aa  227  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 206 aa  226  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 206 aa  224  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  224  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  224  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 206 aa  224  8e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  224  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 207 aa  222  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 213 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  222  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 209 aa  221  7e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  221  8e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>