More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0223 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
206 aa  418  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
206 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
206 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  99.51 
 
 
206 aa  417  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  98.06 
 
 
206 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  96.6 
 
 
206 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  96.6 
 
 
206 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  96.6 
 
 
206 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  96.6 
 
 
206 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  95.63 
 
 
206 aa  406  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  96.12 
 
 
206 aa  407  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  96.6 
 
 
206 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  94.17 
 
 
206 aa  400  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  91.75 
 
 
206 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  91.26 
 
 
206 aa  390  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  90.78 
 
 
206 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  86.89 
 
 
206 aa  378  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  86.89 
 
 
206 aa  378  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  87.38 
 
 
206 aa  377  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  374  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  86.89 
 
 
206 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  375  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3976  30S ribosomal protein S4  86.41 
 
 
206 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3891  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000651911  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  84.95 
 
 
206 aa  371  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0307  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 
206 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0605  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000812639  normal  0.600341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  84.47 
 
 
206 aa  370  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  85.92 
 
 
206 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  83.98 
 
 
206 aa  368  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  83.01 
 
 
206 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2613  30S ribosomal protein S4  83.98 
 
 
206 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.872553  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3500  30S ribosomal protein S4  83.98 
 
 
206 aa  364  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101758  hitchhiker  0.0000000843675 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0352  ribosomal protein S4  79.13 
 
 
206 aa  350  8e-96  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.931615  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0625  ribosomal protein S4  82.52 
 
 
206 aa  340  1e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00138792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  75.73 
 
 
206 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  75.73 
 
 
206 aa  324  4.0000000000000003e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  73.79 
 
 
206 aa  324  6e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  74.27 
 
 
206 aa  323  9e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  74.27 
 
 
206 aa  320  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  74.27 
 
 
206 aa  319  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  72.82 
 
 
206 aa  317  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  72.46 
 
 
207 aa  315  3e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  72.33 
 
 
206 aa  315  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  73.79 
 
 
206 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  72.82 
 
 
206 aa  315  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  73.79 
 
 
206 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  72.82 
 
 
206 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  72.33 
 
 
206 aa  310  9e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  72.33 
 
 
206 aa  310  9e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  72.33 
 
 
206 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  72.33 
 
 
206 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  70.05 
 
 
207 aa  309  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  68.75 
 
 
208 aa  306  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0445  SSU ribosomal protein S4P  73.3 
 
 
206 aa  306  1.0000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.189793  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  69.9 
 
 
206 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  66.99 
 
 
206 aa  301  3.0000000000000004e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0482  SSU ribosomal protein S4P  70.39 
 
 
206 aa  301  3.0000000000000004e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  70.05 
 
 
207 aa  299  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  69.57 
 
 
207 aa  297  8e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  69.08 
 
 
207 aa  297  9e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  69.08 
 
 
207 aa  296  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  295  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  294  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  294  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  294  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  69.08 
 
 
207 aa  294  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  68.12 
 
 
213 aa  294  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  68.12 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  68.12 
 
 
207 aa  293  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 
207 aa  291  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 
207 aa  291  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 
207 aa  291  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 
207 aa  290  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  67.15 
 
 
207 aa  290  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  66.99 
 
 
209 aa  288  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 
207 aa  288  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0394  30S ribosomal protein S4  64.56 
 
 
206 aa  287  9e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  67.63 
 
 
207 aa  287  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>