More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2107 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  89.32 
 
 		 206 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  90.29 
 
 		 206 aa  387  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  87.86 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  87.86 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  88.35 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  86.89 
 
 		 206 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  84.88 
 
 		 205 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  84.39 
 
 		 205 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  357  8e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  82.44 
 
 		 205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  355  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  82.44 
 
 		 205 aa  354  5.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  354  5.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  353  7.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  345  3e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  79.13 
 
 		 206 aa  342  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  340  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  340  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  340  8e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  339  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  339  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  332  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  331  5e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  76.96 
 
 		 205 aa  326  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  72.55 
 
 		 205 aa  315  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 204 aa  315  3e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  72.68 
 
 		 203 aa  308  2e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  72.2 
 
 		 204 aa  308  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  303  8.000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  68.29 
 
 		 203 aa  298  5e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  67.32 
 
 		 204 aa  295  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  72.03 
 
 		 146 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  52.02 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  49.27 
 
 		 204 aa  208  5e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 205 aa  190  2e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  48.22 
 
 		 203 aa  174  6e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 206 aa  174  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.04 
 
 		 211 aa  174  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  46.34 
 
 		 200 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  46.95 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 203 aa  171  5e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  47.72 
 
 		 203 aa  171  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 200 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 208 aa  172  5e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 203 aa  171  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 208 aa  171  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  47.21 
 
 		 203 aa  169  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 206 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 209 aa  168  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  46.67 
 
 		 206 aa  168  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  45.69 
 
 		 203 aa  168  6e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 208 aa  167  8e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  45.69 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  47.89 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  47.89 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  48.06 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0361  30S ribosomal protein S4  50.87 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000770574  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  44.81 
 
 		 208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1830  30S ribosomal protein S4  50.87 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00631907  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  47.06 
 
 		 208 aa  165  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  165  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>