More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1765 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  96.1 
 
 		 205 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  96.1 
 
 		 205 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  92.68 
 
 		 205 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  91.71 
 
 		 205 aa  393  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  90.24 
 
 		 205 aa  390  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  87.8 
 
 		 205 aa  384  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  352  2e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  352  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  349  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  348  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  349  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  349  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  348  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  345  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  345  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 206 aa  345  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  344  7e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 206 aa  343  8e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  343  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  77.56 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  341  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  341  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  340  5.999999999999999e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 206 aa  338  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  336  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 206 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  309  2e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 		 205 aa  300  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 205 aa  298  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 205 aa  298  3e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  64.39 
 
 		 203 aa  293  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  63.41 
 
 		 204 aa  289  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  62.44 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  62.93 
 
 		 204 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  71.53 
 
 		 146 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  48.48 
 
 		 202 aa  204  8e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  49.49 
 
 		 202 aa  204  8e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 204 aa  203  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 205 aa  173  1.9999999999999998e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  44.66 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.25 
 
 		 206 aa  167  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  44.39 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 200 aa  161  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 206 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  159  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.99 
 
 		 209 aa  157  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  41.71 
 
 		 203 aa  157  8e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 203 aa  157  8e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 208 aa  157  9e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  41.51 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  41.04 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  44.22 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  46.99 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  42.72 
 
 		 203 aa  156  3e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 208 aa  155  4e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  46.27 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  41.12 
 
 		 203 aa  155  6e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 200 aa  154  6e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 206 aa  154  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 206 aa  154  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>