More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0104 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 208 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  87.98 
 
 		 208 aa  390  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  85.1 
 
 		 208 aa  381  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  84.62 
 
 		 208 aa  376  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  75.96 
 
 		 208 aa  338  2.9999999999999998e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  68.75 
 
 		 208 aa  315  3e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  69.71 
 
 		 208 aa  309  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  69.23 
 
 		 208 aa  308  5e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  67.79 
 
 		 208 aa  301  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 208 aa  298  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  66.35 
 
 		 208 aa  296  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  65.87 
 
 		 208 aa  294  8e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  65.87 
 
 		 208 aa  291  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  65.87 
 
 		 208 aa  288  5.0000000000000004e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  59.62 
 
 		 208 aa  277  8e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  62.98 
 
 		 208 aa  275  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  63.16 
 
 		 209 aa  274  8e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  62.98 
 
 		 208 aa  273  9e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  62.02 
 
 		 208 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  62.02 
 
 		 208 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  62.02 
 
 		 208 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  60.1 
 
 		 208 aa  270  8.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  61.24 
 
 		 209 aa  266  2e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 209 aa  264  8e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  61.06 
 
 		 208 aa  261  4e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  58.85 
 
 		 209 aa  258  5.0000000000000005e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  64.42 
 
 		 208 aa  257  9e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  58.65 
 
 		 206 aa  256  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.69 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 209 aa  254  8e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.54 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  60.1 
 
 		 208 aa  251  5.000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  61.72 
 
 		 208 aa  251  5.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  57.35 
 
 		 206 aa  250  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  57.35 
 
 		 206 aa  250  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  249  2e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  56.73 
 
 		 208 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  247  8e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  54.33 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  239  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  239  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 209 aa  236  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  57.89 
 
 		 209 aa  236  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  56.73 
 
 		 208 aa  235  3e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  58.65 
 
 		 208 aa  234  7e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 209 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  55.29 
 
 		 208 aa  231  4.0000000000000004e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 209 aa  228  4e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 207 aa  227  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 207 aa  226  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  225  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  224  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  224  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  224  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  224  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  224  8e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 213 aa  223  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  221  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  221  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  220  9e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  219  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  218  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  217  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  217  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>