More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0429 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  78.95 
 
 		 209 aa  351  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  78.95 
 
 		 208 aa  348  4e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  77.03 
 
 		 209 aa  347  7e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  62.68 
 
 		 208 aa  278  3e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  65.55 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  65.55 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  60.29 
 
 		 208 aa  263  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  256  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  257  1e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  254  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  255  4e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 209 aa  254  5e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 208 aa  254  8e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  251  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  60.48 
 
 		 206 aa  251  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  251  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  57.42 
 
 		 208 aa  250  8.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  250  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 207 aa  250  9.000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  249  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  249  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  59.05 
 
 		 206 aa  247  8e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  61.43 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  60.48 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  244  9e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  244  9e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  57.89 
 
 		 208 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  242  3e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  242  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 206 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  60.95 
 
 		 206 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 208 aa  241  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  240  9e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  240  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  240  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  59.05 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  60 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  56.67 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  239  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 207 aa  238  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  238  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 207 aa  238  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  238  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  238  4e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  238  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  238  5e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  238  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  238  5e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  238  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  59.52 
 
 		 206 aa  238  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  59.05 
 
 		 206 aa  237  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  237  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  59.05 
 
 		 206 aa  236  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  236  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  58.57 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  57.62 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  59.05 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>