More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2305 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  100 
 
 		 209 aa  433  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  69.38 
 
 		 208 aa  306  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  63.16 
 
 		 208 aa  283  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  64.59 
 
 		 208 aa  280  1e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  62.68 
 
 		 208 aa  273  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  62.68 
 
 		 208 aa  272  3e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  61.24 
 
 		 208 aa  270  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 208 aa  268  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  61.24 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  61.24 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  265  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  60.29 
 
 		 208 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  265  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  262  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  65.07 
 
 		 208 aa  259  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  60.77 
 
 		 208 aa  259  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 208 aa  258  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  257  9e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 208 aa  256  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 208 aa  255  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  62.2 
 
 		 209 aa  254  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  57.89 
 
 		 209 aa  254  7e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.72 
 
 		 208 aa  254  8e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  62.2 
 
 		 208 aa  251  7e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 206 aa  248  5e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 206 aa  248  5e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  248  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 209 aa  246  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 209 aa  245  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.94 
 
 		 208 aa  242  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 208 aa  238  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 208 aa  238  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  237  9e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  237  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  237  9e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  237  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  53.59 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 209 aa  231  6e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 209 aa  230  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  228  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  228  5e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 209 aa  225  3e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 209 aa  225  3e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 208 aa  226  3e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  54.72 
 
 		 211 aa  223  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  223  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 209 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  211  7.999999999999999e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_443  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 207 aa  209  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000105703  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 209 aa  206  3e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0501  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 207 aa  205  4e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000100385  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  205  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 207 aa  204  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  204  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 203 aa  204  9e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 203 aa  204  1e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 207 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 207 aa  202  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 207 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 203 aa  202  4e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  49.3 
 
 		 207 aa  201  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 207 aa  201  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  201  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>