More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0980 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 209 aa  432  1e-120  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  78.47 
 
 		 209 aa  345  2e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  71.77 
 
 		 209 aa  330  7.000000000000001e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  71.77 
 
 		 209 aa  330  7.000000000000001e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 206 aa  257  8e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  60.29 
 
 		 206 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  252  3e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.13 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 209 aa  245  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  57.42 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 208 aa  241  6e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  58.37 
 
 		 208 aa  241  7.999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  238  4e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  59.81 
 
 		 208 aa  238  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  237  8e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  236  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  236  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  236  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  234  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  234  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  234  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  56.19 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 208 aa  232  2.0000000000000002e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  57.14 
 
 		 209 aa  231  8.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  230  9e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 208 aa  229  3e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 209 aa  228  5e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.63 
 
 		 208 aa  227  9e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  53.08 
 
 		 208 aa  227  1e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  52.61 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.02 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  221  8e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 209 aa  220  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  218  5e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  216  1e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  216  1e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 208 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  52.36 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  211  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  211  5.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  211  5.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  211  9e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 206 aa  208  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 209 aa  207  6e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 206 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  51.89 
 
 		 206 aa  206  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 206 aa  205  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  52.36 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>