More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3383 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  406  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  80.6 
 
 		 201 aa  335  1.9999999999999998e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  324  7e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  323  1e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  323  1e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  321  6e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  321  6e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  78.11 
 
 		 201 aa  321  6e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  76.62 
 
 		 202 aa  320  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  73.63 
 
 		 202 aa  315  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  74.13 
 
 		 201 aa  313  9.999999999999999e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  74.13 
 
 		 201 aa  312  1.9999999999999998e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  70.15 
 
 		 202 aa  290  1e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  259  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  59.13 
 
 		 208 aa  248  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  58.65 
 
 		 208 aa  247  9e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 209 aa  245  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  61.06 
 
 		 208 aa  245  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 209 aa  234  4e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 208 aa  235  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  57.21 
 
 		 208 aa  231  7.000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  229  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  204  1e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 203 aa  198  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 208 aa  198  6e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  52.4 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 203 aa  193  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 203 aa  192  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 203 aa  190  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 204 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  188  4e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  187  8e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  187  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 211 aa  187  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 208 aa  186  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1548  ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 197 aa  185  4e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  50 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  184  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  49.01 
 
 		 200 aa  184  8e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 206 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  181  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  50.99 
 
 		 197 aa  181  6e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  181  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  181  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  181  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  47.57 
 
 		 206 aa  180  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 201 aa  180  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  46.6 
 
 		 206 aa  179  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 206 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 206 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 206 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  47.57 
 
 		 206 aa  178  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 206 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0340  ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 195 aa  178  4.999999999999999e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1134  ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 197 aa  178  5.999999999999999e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00609491  normal  0.0863667 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>